Однако по иронии судьбы именно Иов оказался косвенным виновником несчастий рода Годунова. Сам того не желая, он подтолкнул Григория Отрепьева на путь, который со временем привел его в Москву как «царевича Дмитрия». В 1601 г. патриарх, заметив грамотного и расторопного чудовского монаха Гри­гория, взял его в свою свиту. Однако когда тот был обвинен в крамольных речах и чернокнижии, Иов не стал выручать своего клирика. Попав под следствие, Григорий не стал дожидаться его исхода. В начале 1602 г. он бежал из Москвы и перебрался в Польшу. Там и произошло его чудесное превращение в «царе­вича».

В конце мая 1605 г. войска Лжедмитрия подошли к самой Москве. В это время Борис Годунов уже по­коился в каменной гробнице под сводами Архангель­ского собора московского Кремля. Он умер 13 апре­ля 1605 г.

Молодой царь Федор Борисович не пользовался поддержкой боярства и дворян. Не обладая ловкостью и изворотливостью отца, он растерялся перед лицом надвигавшихся грозных событий. Патриарх пытался поддержать авторитет Федора. Он неоднократно вы­ступал перед народом с обличениями самозванца. Од­нако его уже мало кто слушал.

За свою приверженность семье Годуновых Иов ед­ва не поплатился жизнью. 1 июня 1605 г. в Москве вспыхнуло восстание. Город быстро оказался в руках сторонников Лжедмитрия. Патриарх был схвачен ими во время богослужения в Успенском соборе. Его по­волокли на Красную площадь, на Лобное место, на­мереваясь казнить за борьбу против «законного госу­даря»—«царевича Дмитрия». Однако в толпе оказа­лись не только враги, но и доброжелатели Иова. «Тогда бо соборной церкви клирики во все церковные двери выбегоша, вопль и крик с плачем сотвориша о Иове патриархе, и моляще народ, бе бо опалилися от беснования».

Само намерение казнить первого российского пат­риарха многих привело в смущение. По этому поводу «распрение лютое бысть в народе». Между тем начал­ся погром патриаршего дворца. «Богат, богат, богат Иов патриарх! Идем и разграбим имения его!» — за­кричали в толпе. Известно было, что в голодные годы патриарх прятал запасы хлеба. Бросив полуживого от страха и побоев Иова, толпа устремилась в Кремль за добычей. «И в мале часе весь дом его разграбиша, и разнесоша все богатство».

По распоряжению Лжедмитрия Иов на телеге, в простой монашеской рясе был отправлен туда, откуда некогда начал свой путь: в старицкий Успенский мо­настырь. Монастырским властям приказано было бывшего патриарха «держати в озлоблении скорбном». Однако игумен Дионисий, невзирая на указ, не стал притеснять низложенного «первосвятителя». Он при­нял и содержал Иова с почетом. Опасаясь доноса, он ублажил царских приставов щедрым угощеньем и да­рами. Это был тот самый Дионисий, который впос­ледствии стал архимандритом Троице-Сергиева мона­стыря и прославился как один из организаторов геро­ической борьбы с польско-литовскими интервентами в 1610—1612 гг.

После гибели Лжедмитрия и прихода к власти Василия Шуйского в мае 1606 г. Иов получил воз­можность вернуться в Москву. Его преемник, ставлен­ник Лжедмитрия, патриарх Игнатий был низложен и посажен под стражу в Чудов монастырь.