И после смерти Ивана Грозного карьера Иова благополучно развивалась. В январе 1586 г. митропо­лит Дионисий назначил его архиепископом Ростов­ским. Думал ли тогда злополучный Дионисий, что менее чем через год склонившийся перед ним, жду­щий благословения новый ростовский владыка зай­мет его место, а сам он, униженный, лишенный сана за дружбу с врагами Годунова, будет сослан простым монахом в новгородский Спасо-Хутынский монастырь?

11 декабря 1586 г. по воле Бориса Годунова Иов был возведен на московский митрополичий престол. Поднаторевший в интригах и знании слабых сторон человеческой натуры временщик рассчитал верно: не­далекий, но всецело преданный своему благодетелю Иов оказался очень полезной фигурой в той крупной политической игре, которую вел царский шурин. Став патриархом, он  верой  и правдой  служил  Годунову.

Вскоре после избрания Иов позаботился о про­славлении тех, кого считал своими духовными учите­лями— Иосифа Волоцкого и Филиппа Колычева. В 1591 г. Иов установил общерусское празднование памяти главы «иосифлян», сам написал ему канон и отредактировал церковную «службу». В том же году патриарх санкционировал перенесение из тверского Отроча монастыря на Соловки «мощей» митрополита Филиппа. По существу, это было публичное призна­ние его «святости».

В 1595 г. Иов почтил и более ранних своих пред­шественников— московских митрополитов Петра, Алексея и Иону. Он установил особый день (5 октяб­ря) для празднования их общей памяти.

Первый патриарх поначалу пытался навести по­рядок в среде московского приходского духовенства. Однако он не проявил в этой области должной на­стойчивости и твердости. Московские попы по-прежнему сплошь и рядом «спустя рукава» относились к своим обязанностям, мало заботились о нравственном и религиозном воспитании прихожан. Между тем пат­риарх с конца 90-х годов оказался вовлеченным в острую борьбу вокруг престола и почти не имел вре­мени для внутрицерковных дел.

7  января 1598 г. на 41-м году жизни скончался последний представитель правящей ветви «рюрикова дома» слабоумный царь Федор Иванович. Благодаря поддержке патриарха временное правление — «на малое время, покамест бог царьство строит от всех мятежей и царя даст», — перешло ко вдове Федора, царице Ирине Годуновой. После завершения сорока­ дневного траура, 17 февраля, в Москве состоялся Земский собор, который по предложению патриарха избрал на царство Бориса Годунова. Последующие десять дней патриарх, не зная ни минуты покоя, хло­потал о признании нового царя боярами, духовен­ством и московским простонародьем.

В  дело пошли даже древние кремлевские святыни. Иов распорядился взять из Успенского собора зна­менитую икону Владимирской Божьей матери, глав­ную святыню Российского государства. «Чудотворная» была принесена к воротам Новодевичьего монастыря, где находился Годунов, якобы не желавший принять царский венец. «Сий образ матери божии тебе ради изнесохом и тебе ради толик путь шествова цари­ца»,— говорили церковники Борису, «убеждая» его  взойти на престол. Один из современников событий с горечью писал по поводу этого события: «Двигнут бысть тот образ нелепо, двигнута же и Росия бысть нелепо».

Преодолев сопротивление бояр и части высшего духовенства, Иов проложил Борису путь к престолу. В сентябре 1598 г. патриарх в Успенском соборе вен­чал Годунова на царство.