Еще через год, летом 1588 г., в пределы России неожиданно въехал сам константинопольский патри­арх Иеремия. Смоленским воеводам и архиерею был послан приказ всячески чтить патриарха, собирать толпу народа в той церкви, куда он захочет пойти помолиться. Одновременно из Москвы были отправле­ны царские приближенные для сопровождения патри­арха в столицу, а также для выяснения его намерений и целей приезда. Наряду с прочими вопросами послан­ным велено было выяснить: не есть ли этот Иеремия самозванец, выдающий себя за патриарха с целью сбора богатой «милостыни»? Такие случаи были до­вольно распространены в отношениях России с пра­вославным Востоком. Прежний константинопольский патриарх Феолит был только что низложен турками, и потому в Москве еще не имели ясного представле­ния о ситуации в Константинополе.

Убедившись в том, что патриарх — настоящий, недавно возведенный на кафедру, царские посланцы проводили его в Москву. Здесь он был помещен со всеми возможными удобствами на подворье рязанско­го епископа. Любопытство московских обывателей было возбуждено до крайности: это был первый в ис­тории приезд на Русь константинопольского патриар­ха. Однако Годунов распорядился держать Иеремию в строгой изоляции, под своего рода «домашним аре­стом». Вокруг подворья были выставлены крепкие караулы. К патриарху допускались лишь доверенные лица Годунова  .

Через неделю после прибытия в Москву Иеремия был принят царем Федором Ивановичем, а затем имел долгую беседу с Борисом Годуновым. Из речей пат­риарха стало ясно, что единственной целью его при­езда в Россию был сбор милостыни для обнищавшей константинопольской церкви. Никаких полномочий от других патриархов по вопросу об учреждении москов­ской патриархии Иеремия не имел и вести переговоры на эту тему не собирался. Православный Восток охот­но принимал московские дары, но вовсе не желал появления пятого, российского патриарха.

Уяснив истинное положение вещей, московские по­литики решили добиться своей цели хитростью и си­лой. Патриарх был вновь помещен под «домашний арест». Дни шли за днями, а о нем словно забыли. При этом Иеремию и его свиту снабжали всем необ­ходимым, приносили даже кушанья и напитки «с цар­ского стола».

Патриарх был окружен челядью, передававшей Годунову каждое его слово. Даже среди двух бли­жайших спутников Иеремии, митрополита мальвазий-ского Иерофея и архиепископа элассонского Арсения, один, Арсений, был подкуплен москвичами и сообщал им о тайных помыслах патриарха.

Годунов тонко рассчитал свои действия, проник в душу слабовольного и тщеславного Иеремии. Вско­ре патриарх, сломленный почетным пленом, в разго­воре со своими приближенными обмолвился, что он готов уступить желанию русских иметь собственного патриарха в том случае, если этот пост будет пред­ложен ему самому. Годунов приказал своим людям всячески укреплять патриарха в этой мысли. Наконец, поддавшись уговорам, Иеремия во всеуслышание изъявил согласие стать российским патриархом.

Обсуждение дела тотчас было поставлено на офи­циальную основу и перенесено в Боярскую думу. Го­дунов и бояре поставили условие: патриарх должен жить не в Москве, а там, где был «древний престол русский» — во Владимире-на-Клязьме. Отправляя Иеремию во Владимир, Годунов тем самым спасал своего ставленника московского митрополита Иова. В случае, если бы Иеремия остался в Москве, Иов неизбежно должен был покинуть кафедру.

Было и еще одно препятствие утверждению Иере­мии в Москве. Водворение в «доме пречистой Богоро­дицы» грека, чуждого русским обычаям и языку, мог­ло вызвать всеобщее возмущение. За полтора столе­тия, прошедшие со времени установления автокефалии русской церкви, на Руси успели привыкнуть к мысли о том, что греческое православие «порушилось», ут­ратило первоначальную чистоту.