Еще больше выслужиться Малюте удалось во время противостояния Ивана Грозного с митрополитом Филиппом Колычевым. Последний публично клеймил опричные нововведения и порицал царя за разделение страны, за казни подданных, за погромы. В ответ в ноябре 1568 года Малюта вместе с А. Басмановым набросились на митрополита, сорвали с него мантию и насильно отвели сначала в Богоявленский монастырь, а потом отправили под конвоем в тверской Отрочь монастырь. Поскольку и там Филипп продолжал критиковать политику Ивана Грозного, то Малюта Скуратов в декабре 1569 года лично отправился в Отрочь монастырь и задушил митрополита крамольника.

По православным законам мирянин не имел права поднимать руку на духовное лицо. Это считалось большим грехом и преступлением. Но царь лишь еще больше приблизил к себе самого верного опричника и даже с ним породнился.

Вполне вероятно, что, когда Иван Грозный сообщил Малюте о желании сделать его своим родственником, тот был готов мысленно от счастья прыгать до небес. На самом же деле он упал к монаршим ногам и был готов их облобызать. Ведь подобной чести удостаивались очень немногие. Однако, когда Скуратов узнал, кто должен был стать женихом его старшей дочери Анны, радость сразу поутихла. Юной красавице следовало выйти замуж за слабоумного паралитика князя И. М. Глинского. Он действительно приходился царю Ивану родственником – по матери Елене Елинской (И. М. Глинский был сыном дяди Елены – М. Л. Глинского). Но вряд ли кто либо из представителей знати желал выдать свою дочь за такого жениха. Безродному дворянину из Белой выбирать не приходилось. В любом случае родство с государем позволяло ему подняться к самому трону.

Можно предположить, что перед свадьбой Анна пролила немало слез, однако противиться воле родителя она не смела. К тому же после замужества она становилась княгиней и владелицей богатого дома в Москве и обширных вотчин, приносящих в год не менее 40 тысяч рублей. В ее распоряжении оказались десятки слуг, наполненные всевозможным добром кладовые, фамильные драгоценности Глинских и многое другое.

Со временем, освоившись с новой для себя ролью, она стала находить много преимуществ в слабоумии мужа.

В богатый дом Анны смогли переехать и младшие сестры. Все они вскоре должны были достигнуть возраста невест и нуждались в хороших женихах. Поскольку Малюта стал родственником царя, то достаточно знатные и влиятельные люди были готовы назвать его тестем. К тому же в выдаче замуж его дочерей самое активное участие принял сам царь. Ему захотелось породнить любимцев, и он стал предлагать своему бывшему стряпчему Б. Ф. Годунову посвататься к Марии. Во время одного из церковных праздников, когда вся знать с семьями собралась в Успенском соборе, Борису показали на юную дочь Малюты Скуратова, скромно стоящую рядом с новоиспеченной княгиней Глинской. Борис счел, что девушка очень недурна: невысокая, ладненькая, с длинной черной косой и правильными чертами лица, к тому же за ней давали хорошее приданое – имение под Малоярославцем.

Со свадьбой торопиться не стали, поскольку царь собирался в поход на Новгород, который, по его мнению, задумал измену. Малюта, желая показать свою преданность Ивану Грозному, вновь был самым активным и лютым опричником. Под его руководством в городе были устроены публичные казни, и кровь ни в чем не повинных людей полилась рекой. За эту «службу» он получил чин «опричного думного дворянина».

После возвращения в Москву весной 1571 года сыграли в узком опричном круг свадьбу Б. Ф. Годунова и М. Г. Скуратовой Бельской. На ней в качестве почетного гостя присутствовал сам царь. Несомненно, Марии повезло значительно больше, чем Анне. Ее муж был молод, красив, пользовался благосклонностью Ивана Грозного и успешно делал при дворе карьеру. Покровителем Бориса был его дядя Дмитрий Иванович, исполнявший очень почетную должность царского постельничего.