Вскоре просторный трехэтажный дом на высоком подклете был готов. Для приема гостей выстроена особая каменная палата на трех подклетах, в которых размещались кладовые для всевозможных припасов, доставляемых из поместий. Мария Григорьевна была очень рачительной хозяйкой и редко покупала продукты на московских рынках. По ее указанию все необходимое доставлялось из подмосковных деревень: мясо, яйца, молоко, зерно, овощи. Сама она руководила засолкой огурцов, капусты, грибов, варкой пива и медов. Всему этому она была хорошо обучена в доме матери. Если что либо она не знала, то всегда могла спросить у матери, которая приняла постриг в Новодевичьем монастыре под именем Маремьяна. Часто встречалась она и с рано овдовевшими сестрами. Младшая сама справлялась с не слишком большим владением мужа. Старшая же попросила Б. Ф. Годунова быть ее опекуном, ведь общий доход от имений превышал 40 тысяч рублей. По тем временам это была очень большая сумма, которую трудно было потратить бездетной женщине. (Единственная дочь Анны умерла в юности.) Вскоре Анна переселилась к Марии Григорьевне и стала помогать ей вести большое хозяйство.

Общий доход семьи Б. Ф. Годунова составлял 93 700 рублей. В него включались: жалованье конюшего, средства, поступаемые с вотчин и поместий, налоги с московских бань и купален, пчельников и лугов вдоль Москвы реки, а также с пожалованных царем волостей Вага и Камарицкая. В числе многочисленных вотчин были и земли в Бельском уезде и около Малоярославца, составлявшие приданое Марии Григорьевны. Они приносили 1757 рублей.

Сама хозяйка редко ездила в дальние имения, но подмосковные владения она посещала регулярно. Особенно ей нравилось село Хорошево, наиболее близкое от Москвы. В нем был построен красивый каменный храм и прекрасный дом. Другой загородной резиденцией были Большие Вяземы: уютный, просторный деревянный дом, великолепный пятикупольный храм, украшением которого Мария Григорьевна руководила лично. Туда семья Годуновых переселялась на летнее время. Девушки вышивали для этого дома пелены и покровы, мастера ремесленники изготавливали красивые подсвечники, выковывали драгоценные оклады для икон, написанных лучшими живописцами. Они же расписали церковь изнутри, изобразив Бога создателя в Купале. Циркуль в его руках как бы подчеркивал покровительство строительству. Рядом с храмом была звонница необычной архитектуры. По церковным праздникам звон от ее колоколов разносился по всей округе на многие километры.

Поскольку Мария Григорьевна с сестрами часто проживали в загородном доме одни, то все постройки были окопаны рвом и окружены высокой деревянной изгородью. Протекавшая рядом речка была запружена с помощью каменной плотины (она сохранилась до сих пор) и образовала широкий пруд, в котором летом можно было купаться.

Словом, жизнь нашей героини была вполне счастливой и благополучной. Печалило только отсутствие детей. Первенец Иван умер во младенчестве. Наконец в конце января 1588 года родилась дочь Ксения, ставшая для отца и матери настоящим подарком – красивая, благонравная, очень ласковая и послушная. Мария Григорьевна с сестрами души в ней не чаяла и старалась, чтобы у девочки были самые красивые платьица, башмачки, самые потешные куклы и замысловатые безделушки. Когда Ксения немного подросла, ее стали обучать рукоделию, грамоте и церковному пению. Девочка оказалась очень прилежной и вскоре начала вышивать не хуже мастериц. Быстро освоила она и грамоту и усердно занялась чтением книг из обширной отцовской библиотеки.