В течение 1609 года обстановка в Москве была очень тяжелой. Горожане, недовольные бездействием царя, были готовы в любой момент поднять восстание и открыть ворота Лжедмитрию II. Только патриарх Гермоген всячески отговаривал их от измены, заявляя, что свержение православного монарха будет большим грехом.

Один раз москвичи не поддались уговорам и, собравшись на Лобном месте, стали требовать, чтобы В. И. Шуйский добровольно оставил престол, так как получил его незаконно, с помощью потаковников (сторонников) и без воли «всей земли», то есть всех жителей Русского государства. Многие заявляли, что царь – недостойный человек, грубый, нечестивый, пьяница и блудник. Это послужило сигналом к тому, чтобы ворваться в Кремль, а потом и в царский дворец.

Шум и крики очень напугали Марию Петровну. Она опасалась и за себя, и за малютку дочь, и за мужа. Царь Василий решил защитить ее во что бы то ни стало. Смело вышел он на Красное крыльцо и громко крикнул крамольникам: «Как вы, клятвопреступники, посмели ворваться сюда? Кто вы такие, чтобы сводить меня с престола? Это дело не ваше, а бояр и выборных от городов. Поэтому убирайтесь отсюда, пока стрельцы не расправились с вами».

Посрамленные зачинщики бунта поспешили разойтись, а с ними и вся толпа. Боясь наказания, многие из них бежали в Тушино.

Сложившаяся ситуация очень испугала царицу Марию, особенно ее беспокоило будущее дочери. Поэтому она решила припрятать у своих родственниц некоторые ценные вещи: золотые сережки с изумрудами и рубинами, жемчужные ожерелья, соболиные шубки и постельное белье. Часть вещей отвезли к ее сестре Марии, часть – к родственнице Ирине Буйносовой и некоторым другим знакомым. Но эти меры оказались напрасными – царевна умерла во младенчестве, самозванцу же не удалось взять Москву. Позднее все ценности пришлось продать, поскольку царю нечем было платить жалованье служилым людям.

Весь 1609 год Марии Ивановне приходилось добывать для мужа деньги. Ее ближним боярыням Соломонии Бахтеяровой, Анне Урусовой и Прасковье Колычевой приходилось спарывать жемчуг и драгоценные камни с одежды прежних царей и цариц и отдавать своим слугам на продажу. Самим боярыням это делать было неудобно. Вырученные деньги тут же отдавали ближним людям В. И. Шуйского: Семену Прозоровскому, Ивану Чепчугову и другим. Всего удалось добыть 17 тысяч рублей, что по тем временам было очень большой суммой.

На собственный обиход царице почти ничего не оставалось. На помин отца она смогла дать только 4 рубля, на сороковины дочери было потрачено всего несколько рублей, хотя по обычаю полагалось дать не менее 500 рублей. За целый год Мария Петровна потратила только 253 рубля. Для себя она лишь дважды покупала мыло и румяна. Все остальное ушло на жалованье прислужницам, на пожертвование в церкви и монастыри и на милостыню. 22 рубля на свои нужды выпросил брат Иван (за несколько раз).

Чтобы одарить своих ближних людей, царице приходилось брать вещи из царской казны, преимущественно шубки, летники, опашни, шапки и украшения. Позднее все это у них было конфисковано.

Несомненно, осадное положение заставило царскую семью жить очень скромно и совсем забыть о развлечениях и празднествах.

С этого времени царь В. И. Шуйский стал очень подозрительным и предпочитал опираться на своих родственников и близких жены. Боярство получил ее родич князь В. И. Бахтеяров Ростовский. Вместе с ее дядей В. И. Буйносовым Ростовским он вошел в Ближнюю думу.

Высокое положение Марии позволило ее младшим сестрам выгодно выйти замуж. Средняя сестра, Мария, стала женой одного из наиболее знатных князей – И. М. Воротынского. Он был сыном прославленного полководца М. И. Воротынского, спасшего Москву от полчищ крымского хана Девлет Гирея в 1572 году. Правда, царствовавший тогда Иван Грозный не оценил его подвиг и, обвинив в чародействе, казнил.