Прошло несколько месяцев со дня свадьбы, и царица Мария Ильинична стала свидетельницей одного из крупнейших в XVII столетии московских восстаний. В мае 1648 года она вместе с царем Алексеем ездила на богомолье в Троице Сергиев монастырь. В Москву царская чета вернулась 1 июня. И туг из людской толпы, глазевшей на проезжавшую вереницу всадников и карет, отделились челобитчики, пожелавшие подать самому царю жалобу на Л. С. Плещеева. Охрана стала отгонять людей, были проведены аресты, а в ответ в царских служителей полетели камни и палки. Но это еще были «цветочки»! По настоящему грозно события развернулись на следующий день, 2 июня.

Царь выехал из Кремля вместе с придворными и церковнослужителями, совершая крестный ход в Сретенский монастырь. Толпа москвичей поджидала Алексея Михайловича и опять стала требовать выдачи Плещеева и освобождения арестованных вчера товарищей. На обратном пути народ, озлобленный бездействием властей, буквально внес ехавшего верхом царя Алексея и его окружение в Кремль и продвинулся вплотную ко дворцу. Теперь уже восставшие требовали крови не только Л. С. Плещеева, но и П. Т. Траханиотова и даже Б. И. Морозова. Народ громил дворы и этих лиц, и их подручных из морозовской администрации. Морозов спасся тем, что спрятался в царских покоях. Чуть не пострадала сестра царицы Марии – Анна Морозова. Она попалась восставшим, которые буквально сорвали с нес драгоценности и бросили их на дорогу. Анне даже кричали, что убили бы ее, если бы не ее свойство с государем.

Много крови пролилось 2–5 июня. Москвичам были выданы Плещеев и Траханиотов, которых буквально растерзали разъяренные жители. Погибли и другие сторонники Морозова. Лишь самого Бориса Ивановича царь Алексей Михайлович буквально со слезами на глазах смог «отмолить» у народа. Всесильного «дядьку» отправили в ссылку, подальше от Москвы – в Кирилло Белозерский монастырь. Все эти лихие дни царица Мария находилась в своих кремлевских хоромах. Благо что толпа не решалась ворваться в царские апартаменты, как это было позже, в 1682 году. Мария Ильинична была беременна, и хорошо, что напасти прошли стороной: 22 октября 1648 года она родила своего первенца, царевича Дмитрия Алексеевича.

Царица Мария имела собственные хоромы в Кремле. В одной из загородных резиденций, в селе Коломенском, у нее также имелся свой терем, фасад которого в 1668 году был заново расписан красками и позолочен. Разумеется, Мария Ильинична имела особые помещения и в «путевых» царских дворцах (в селе Хорошевс. например). На золоченых креслах царица восседала во время официальных приемов. Лавки в комнатах обивались сукном. Сукном же отделывались окна и царицыной «мыленки» (бани). Причем Мария Ильинична не только традиционно посещала баню, но и у нее имелась деревянная ванна. Киоты, в которые помешались иконы, оклеивались красным бархатом, а «поклонные» скамейки обивались сукном. Под «место» царицы, когда она бывала в церкви, подстилались два ковра: «золотный» и «цветной и золотный», оба около трех метров длиной. В 1653 году в Зеркальном ряду царице было куплено хрустальное зеркало в обитой зеленым бархатом деревянной оправе. Для расчесывания волос использовались одновременно несколько гребней. Царица Мария имела собственную библиотеку. В 1666 году какую то ее «потешную» книгу заново переплели, а в 1668 году она заказала сделать две рукописные книги житий святых «в лицах» по образцу старой.

И торжественные, и обычные выезды Марии Ильиничны обслуживались соответствующими экипажами. Так, известно, что зимние сани внутри обивались красным бархатом, «золотным» атласом. сиденья и пол покрывались красным сукном и сафьяном. В 1667 году царице изготовили две новые деревянные «колымаги»: одну резную, а другую гладкую. Снаружи их позолотили и покрасили разными красками.