Как уже отмечалось, созданные во время восстания Пугачева в 1774 г. Секретные следственные комиссии в Казани и Оренбурге работали и как следственные, и как судебные органы. Тайная экспедиция контролировала эту деятельность комиссий. Летом 1774 г. из нее в Казань и Оренбург послали особые «Примечания», в которых Шешковский отмечал, что по экстрактам, присылаемым в Петербург, видно: «Два или несколько человек оказались в равных винах, но наказания, однакож, разные определяемы, яко то, с ними поступлено по самой точности законов, а другие, в таковых же точных винах оказавшиеся, разными обстоятельствами извиняемы и наказания уменьшаемы были» (418-3, 394). Рекомендации же начальства сводились к тому, что комиссиям нужно следить за четким соответствием преступления и наказания каждого из подсудимых. Автор «Примечаний» выделил семь разрядов преступников. К первому разряду отнесены самые серьезные преступники — те, кто «пристал в толпу злодея из доброй воли, и делал во обще с тою толпою злодеяния, и убивствы верноподанных и других к тому соглашал, и был между злодеев командиром». По второму разряду числятся преступники, совершавшие преступления по принуждению главарей мятежников, «не имев ни малейшего способа, по превосходству силы злодеев, тому противиться». К третьему разряду отнесены те, кто пристали к мятежникам добровольно, «а злодейств и убивств» не совершали и других к ним не склоняли. В четвертый разряд включали тех, кто от мятежников отстали добровольно, но сами с повинной не явились.

Все эти четыре вида преступлений, как отмечалось в рекомендации, «суть разных родов [и] преступники должны быть наказываемы, размеряя каждого по их деяниям». По пятому разряду числятся участники восстания, которые в злодеяниях не участвовали, а только «делали вредные разглашения», по шестому разряду проходили все те, которые совершали преступления (кроме убийств), но, вняв призыву царского манифеста, добровольно сдались властям и чистосердечно раскаялись в содеянном. Наконец, седьмой, особый разряд составили примкнувшие к бунтовщикам офицеры и унтер-офицеры, от которых «отнюдь извинении никакие принимаемы, кажется, быть не должны». Солдат, попавших к пугачевцам, предполагалось «по законам наказать примерно» по жребию — каждого двадцатого (418-3, 395; 522, 18–19). Все эти критерии применялись в судебной практике Комиссий и других органов власти (см. 268, 207–213; 231, 678–679).

Однако, когда после сражений под Казанью 12 и 15 июля 1774 г. в руки правительственных войск попало не менее 10 тысяч человек, всеми этими разрядами пришлось пренебречь — нужно было срочно решать судьбу огромного количества колодников, содержать которых под арестом стало невозможно. Комиссия прибегла к упрощенному расследованию дел и вынесению приговоров. Нужно особо подчеркнуть, это было не то «упрощение», которое нам известно из истории подавления восстания Разина или Булавина, когда по Волге и Дону плыли плоты с повешенными за ребро сотнями бунтовщиков. Наоборот, екатерининские власти проявили неслыханную в тех условиях (после грабежей, убийств и поджогов в Казани) гуманность и за полмесяца выпустили, часто даже без телесных наказаний (впрочем, нередко потому, что не было уже кнутов), большинство пленных.