При Анне Ивановне были организованы четыре следственные комиссии: по делу князя А.А. Черкасского (1734 г.), князя Д.М. Голицына (1736 г.), князей Долгоруких (1738 г.) и А.П. Волынского (1740 г.). Позже, в короткое правление Анны Леопольдовны, действовали еще две временные следственные комиссии: по делам Э.И. Бирона и А.П. Бестужева-Рюмина (1740–1741 гг.). С приходом к власти Елизаветы Петровны была создана следственная комиссия по делу Остермана, Миниха, Левенвальде и других. В 1743 г. существовала следственная комиссия по делу Лопухиных, в 1749 г. — комиссия о преступлениях Лестока, а в 1758–1759 гг. — следственная комиссия по делу канцлера А.П. Бестужева-Рюмина. Все эти комиссии учреждались по именному указу. Среди членов комиссии обязательно числился начальник Тайной канцелярии, который, в сущности, и направлял деятельность комиссии, ибо настоящее «исследование» велось в стенах, точнее — застенках, Тайной канцелярии. Закончив работу (как правило, весьма непродолжительную), следственная комиссия, на основе допросов подследственных, составляла экстракт (иногда — «Краткий», иногда — «Обстоятельный») на высочайшее имя государыни и «сентенцию» — приговор, который верховная власть «апробировала», т. е. одобряла Во многих случаях этот приговор был лишь выражением высочайшей воли, что делало заселение таких комиссий формальностью. Примером может служить расследование по делу кабинет-министра А.П. Волынского весной 1740 г. После нескольких заседаний, на которых Волынский был обвинен в тяжких государственных преступлениях (подробнее см. 3, 4, 5, 304), следственная комиссия как бы растворилась, ушла на задний план и все дело сосредоточилось в Тайной канцелярии, где начались допросы, пытки и очные ставки в застенке. Из девяти человек следственной комиссии при деле Волынского остались только двое — Ушаков и сенатор И. И. Неплюев. Получив 6 июня 1740 г. именной указ «более розысков не производить, но из того, что открыто, сделать обстоятельное изображение и доложить», они написали доклад, обвинив Волынского в оскорблении государыни, в сочинении «разных злодейских рассуждений», а также в намерении посадить на престол своих потомков (364, 161; 3, 230). Так было раздуто с помощью следственной комиссии знаменитое дело Волынского, которое привело его и нескольких близких ему приятелей на эшафот и вызвало панику в Петербурге. Здесь важно подчеркнуть, что комиссия, руководствуясь негласными указаниями, послушно направила дело по худшему для Волынского варианту, притом что доказательств его государственных преступлений у следствия не было.

Многие факты из истории следственных комиссий убеждают, что такие комиссии были фиктивными органами расследования, они, в сущности, лишь подбирали материал для репрессий и утверждали то, что им предписывалось заранее свыше. Даже вопросы подследственным, как и приговоры по их делам, готовились не в комиссии, а при дворе, и ее членам строго предписывалось вести допрос, не уклоняясь от предложенных пунктов. Обычно следственные комиссии созывались поспешно, входившие в них сановники и генералы слабо представляли себе не только суть дела, но и не помнили всех вопросов, по которым они должны были допрашивать преступников. В январе 1741 г. следственная комиссия генерала Г.П. Чернышова, которой поручили допросить сподвижника Бирона, А.П. Бестужева-Рюмина, получила из Кабинета министров не только «учиненные для допросу Алексея Бестужева-Рюмина пункты», но и указ-предупреждение о том, чтобы при допросе преступника комиссия не принимала «у него притом других никаких посторонних и излишних показательств». Членов комиссии призывали действовать согласованно: «Имеете вы все собраться в нашей Тайной канцелярии и… сами, прослушав те пункты в какой силе оные состоят, в твердой памяти иметь, почему б могли вы при допросе его единогласно поступать, дабы иногда, от разных между вами разговоров, каким-либо образом к закрытию надлежащего или в Чем ко отговорке его, причины ему не подать» (462, 183).