Елизавета сама выслушивала некоторых доносчиков. Протоколы допросов прямо из следственной комиссии отвозили к императрице, которая их читала и давала, через Лестока и Ушакова, новые указания об «изучении» эпизодов дела Она же дала распоряжение о начале пыток Ивана Лопухина и допросе там же беременной Софьи Лилиенфельд (660, 11, 38). И хотя по этому делу Елизавета сама никого не допрашивала, но по другим делам такие допросы она таки вела. В 1745 г. из доклада Ушакова она узнала, что некий дворянин Андриан Беклемишев и поручик Евстафий Зимнинский восхищаются правлением Анны Леопольдовны и ругают ее, правящую императрицу. Оба дворянина были доставлены к допросу самой императрицы. Затем Елизавета вместе с Ушаковым и А.И. Шуваловым допрашивала изветчика по этому делу и даже делала какие-то записи в виде протокола допроса (150, 24). В роли следователя выступила Елизавета и в 1746 г., когда допрашивала княжну Ирину Долгорукую, обвиненную в отступничестве от православия. Императрица, недовольная ответами Долгорукой, распорядилась, чтобы Синод с ней «не слабо поступал» (788, 287). В 1748 г. императрица следила за розыском Лестока, писала заметки к вопросным пунктам, в которых не сдержала своих чувств и упрекала Лестока в предательстве. На полях ответов Лестока она делала пометки (760, 50–52). В 1758 г., когда вскрылся заговор с участием А.П. Бестужева и великой княгини Екатерины Алексеевны, императрица лично допрашивала жену наследника престола (313, 440–441).

К этому времени уже десять лет начальником Тайной канцелярии был Александр Иванович Шувалов, родной брат влиятельного Петра Шувалова и двоюродный брат фаворита императрицы И.И. Шувалова. А.И. Шувалов — один из ближайших друзей молодой цесаревны Елизаветы, который с давних пор пользовался особым доверием Елизаветы, и уже с 1742 г. ему поручали дела сыскного свойства. Он арестовывал принца Людвига Гессен-Гомбургского, вместе с Ушаковым расследовал дело лейб-компания Петра Грюнштейна. По-видимому, работа с опытным Ушаковым стала для Шувалова хорошей школой, и в 1746 г. он заменил заболевшего шефа на его посту. В сыскном ведомстве при нем все осталось по-прежнему — налаженная Ушаковым машина продолжала исправно работать (740, 472–473). Правда, новый начальник Тайной канцелярии не обладал галантностью, присущей Ушакову, а даже внушал окружающим страх странным подергиванием мускулов лица. Как писала в своих записках Екатерина II, «Александр Шувалов не сам по себе, а по должности, которую занимал, был грозою всего двора, города и всей империи, он был начальником инквизиционного суда, который звали тогда Тайной канцелярией. Его занятие вызывало, как говорили, у него род судорожного движения, которое делалось у него на всей правой стороне липа от глаза до подбородка всякий раз, как он был взволнован радостью, гневом, страхом или боязнью» (333, 356).

Шувалов не был таким, как Ушаков, фанатиком сыска, в конторе его не ночевал, а увлекся коммерцией и предпринимательством. Много времени у Шувалова отнимали и придворные дела — с 1754 г. он стал гофмейстером двора Петра Федоровича И хотя Шувалов вел себя с наследником предупредительно и осторожно, сам факт, что его гофмейстером стал шеф тайной полиции, нервировало Петра и его супругу. Последняя писала в своих записках, что встречала Шувалова всякий раз «с чувством невольного отвращения». Это чувство, которое разделял и Петр, не могло не отразиться на карьере Шувалова после смерти 25 декабря 1761 г. императрицы Елизаветы и прихода к власти Петра III. Новый император сразу же уволил Шувалова от его должности.