Но несмотря на все эти трудности, Эйтингон, как отмечал позже Павел Судоплатов, «с большим искусством адаптировался к местным условиям». Однако в гражданской войне уже наступил перелом.

В конце 1938 года взаимодействие советской разведки с испанскими спецслужбами пошло на убыль. С одной стороны, на это влияла политическая и идеологическая неоднородность испанского республиканского руководства, в частности Народного фронта. По данному поводу резидентура докладывала в Центр: «Советы, которые мы даем центральному аппарату госбезопасности, и вся наша помощь в виде инструктирования и оперативного руководства на места пока не доходят. Там политическими партиями создаются свои органы контрразведки».

Трудности в отношениях с испанскими партнерами возникали также из-за некомпетентности и безответственности некоторых руководящих работников местных спецслужб. К сожалению, осложнения появлялись иногда и по причине отдельных непродуманных действий советской стороны. Так, однажды поздно вечером от сотрудника резидентуры, работавшего в одном из провинциальных городов, поступило сообщение, что на местном аэродроме совершена крупная диверсия. Не проверив достоверность этих сведений, резидентура направила телеграмму в Москву, а там на ее основе составили спецсообщение на имя Сталина, Молотова и Ворошилова. В Валенсии был поднят с постели министр обороны, по приказу которого в район ЧП срочно перебросили на грузовиках полицейский отряд для проведения поиска и задержания диверсантов. Вскоре выяснилось, что никакого ЧП не было, а произошел лишь изолированный взрыв нескольких старых артиллерийских снарядов в одном из складских помещений. Такие происшествия очень болезненно переживались коллективом резидентуры. В отчете о работе резидентуры за 1938 год Наум Эйтингон, сменивший Александра Орлова, писал: «Считаю, что нужно раз и навсегда покончить с очковтирательством и научить наших работников сообщать вам вещи, как они есть в действительности. Еще раз подчеркиваю, как опасно вместо дела фантазировать».

В начале 1939 года резидентура НКВД переместилась в Барселону, являвшуюся в то время прифронтовым городом. Исход гражданской войны был уже предрешен. Несмотря на это Эйтингону удалось привлечь к сотрудничеству с советской разведкой лидеров испанских троцкистов братьев Руан, нескольких бывших анархистов, одного из основателей фашистской партии Испании Фердинандо де Куэсто, а также Рамона Меркадера, вместе с которым он впоследствии активно работал над реализацией ответственных заданий Центра.

26 января 1939 года пала Барселона. 28 марта фашисты вступили в Мадрид.

Уже после поражения республиканцев, в феврале 1939 года, сотрудники резидентуры НКВД в Испании под руководством Эйтингона осуществили отправку республиканского руководства и лидеров испанской компартии во Францию, а советских специалистов и добровольцев — в СССР.

Итак, в феврале 1939 года резидентура советской внешней разведки в Испании прекратила свое существование. В «Очерках истории российской внешней разведки» говорится:

«Можно по-разному оценивать ее усилия и их результаты в тот период, но нельзя не воздать должное «разведчикам-испанцам», как они с гордостью сами себя называли. Это были профессионалы высокого класса, каждый из них оставил свой след в истории отечественной разведывательной службы. Теперь их нет с нами, но остались их отчеты, письма, другие документы, воспоминания ветеранов, знавших их лично.

Бесспорно и другое. Интервенция гитлеровцев и итальянских фашистов в Испании была преддверием Второй мировой войны в Европе. Поединок советских разведчиков и контрразведчиков имел международное значение, выходившее далеко за пределы Испании. Отсюда — особая острота и трагизм испанских событий, внимание к истории противоборства секретных служб на Пиренейском полуострове, не ослабевающее до последнего времени».