В самом городе, прямо на набережной, возводился еще один форт — Сан-Херонимо. Его строили английские пленные, захваченные на острове Санта-Каталина в 1666 году. На ночь пленных запирали в тюрьме при королевском казначействе.

За крепостями находились блокгаузы и сторожевые посты. Кроме того, к востоку и западу от Портобело вдоль всего побережья размещались дозорные вышки. Службу во всех указанных фортификациях и дозорах несли солдаты, находившиеся на королевском жалованье. Однако их моральный дух и боевая готовность оставляли желать лучшего. Солдатам 18 месяцев не платили жалованье. Многие дезертировали; другие переселились в город, где подрабатывали сапожниками, портными, трактирщиками и бакалейщиками. К моменту нападения флибустьеров на город в его гарнизоне оставалось не более половины личного состава: в Сантьяго — около восьмидесяти солдат, а в Сан-Фелипе — около пятидесяти. Лишь восемь солдат несли дежурство в форте Сан-Херонимо и еще шесть — в здании королевского казначейства. Каждый из них имел при себе шпагу, мушкет или аркебузу, фитили, запас пороха и пуль. Однако у солдат было мало бомб и гранат. Ощущалась также нехватка опытных канониров и людей для обслуживания пушек.

Помимо солдат в Портобело имелись милицейские отряды. Горожане сформировали четыре роты по расовому признаку: из испанцев, мулатов, свободных негров и рабов. Согласно ревизии, проведенной в конце 1667 года, в этих ротах насчитывалось 129 человек, но к лету 1668 года их численность сократилась. По мнению Питера Эрла, в городе оставалось не более двух десятков испанских ополченцев; свободные негры ушли в горы ловить сбежавших негров-рабов, тогда как остальные африканские невольники работали на загородных плантациях и скотоводческих ранчо. Таким образом, перед нападением корсаров в Портобело проживало не более сотни ополченцев.

Информация индейца-осведомителя вскоре была дополнена более оперативными данными. Близ Москитового берега флибустьеры захватили небольшое испанское судно, высланное из Портобело с целью разведки. На допросе пленные показали, что туманные сведения о корсарах, поступившие в город, не всполошили жителей и не привели к укреплению его обороны. Двигаясь дальше вдоль побережья, передовой корабль флотилии заметил каноэ с шестью гребцами и остановил его. К несказанной радости Моргана, незнакомцы оказались англичанами, которые два года провели в плену у испанцев и работали на строительстве форта Сан-Херонимо в Портобело. Им удалось похитить у местных рыбаков каноэ и сбежать. Беглецы снабдили адмирала новейшими данными о ситуации в городе, а кроме того, рассказали о жестоком обращении испанских конвоиров с английскими заключенными, чем еще больше «подогрели» антииспанские настроения людей Моргана. Позже они повторили свой рассказ губернатору Ямайки, который приложил его к отчету, отправленному в Лондон: «Они были прикованы цепями к полу в темнице размером 12 на 10 футов, в которой находилось 33 заключенных. Их заставляли работать в воде с пяти часов утра до семи вечера по таким нормам, что, как признавали сами испанцы, один из них делал больше, чем три негра; тем не менее, когда ослабевший человек хотел поесть и поспать, они сбивали его с ног и били палками, так что четверо или пятеро умерли. У них не было никакой одежды, а их спины были покрыты волдырями от солнечных ожогов; их головы пекло, их шеи, плечи и руки были ободраны от переноски камней и мортир, ступни оббиты, ноги в кровоподтеках и избиты цепями, тела же источали зловоние».

Планируя захват Портобело, Морган главную ставку сделал на внезапность нападения. Он понимал, что незаметно провести флотилию из двенадцати судов мимо крепости Сан-Лоренсо, возвышавшейся над устьем реки Чагрес, и сторожевого поста, находившегося на берегу залива Бонавентура, ему вряд ли удастся, и поэтому решил укрыть почти все корабли в лагуне Бокас-дель-Торо. В поход адмирал взял лишь один корабль. Команды остальных судов пересели на 23 каноэ, захваченные ранее на Кубе.