Люди Моргана воспользовались этим обстоятельством, быстро преодолели остаток пути и бросились с факелами и топорами на ворота.

Тем временем другой отряд корсаров, тащивший осадные лестницы, скрытно обогнул крепость со стороны моря. Приставив лестницы к стене, нападавшие предприняли первую отчаянную попытку взобраться наверх, однако их штурм был отбит. Перегруппировав свои силы, флибустьеры повторили попытку — и на этот раз удача оказалась на их стороне! Над захваченным бастионом взвился красный флаг.

Увидев этот сигнал, буканьеры, находившиеся на холме, с криками «победа!» бросились к крепости — они хотели помочь своим товарищам завершить ее взятие. Около десяти часов утра крепость Сантьяго пала.

Согласно данным Питера Эрла, из восьмидесяти солдат гарнизона сорок пять были убиты, включая коменданта Хуана де Сомовилья Техаду. Сержант Николас Трехо был тяжело ранен и четыре дня провалялся среди груды окровавленных тел, пока флибустьеры не установили, что он жив. Начальник артиллерии Мануэль де Оливер вышел из боя целым и невредимым, однако устыдился этого и стал умолять одного из английских капитанов убить его.

— Для меня — великая честь убить такого предателя короля, как ты! — воскликнул капитан и, вынув из-за пояса пистолет, выстрелил несчастному прямо в сердце.

Захватив крепость Сантьяго, флибустьеры произвели из нее несколько выстрелов в сторону крепости Сан-Фелипе, находившейся на противоположном берегу бухты, а затем отправились грабить город. По словам Эксквемелина, «все пленники были доставлены в особые здания: мужчины в одни, женщины в другие. Пираты выделили караул для их охраны, а затем перенесли своих раненых в дом, стоявший поблизости. Когда все было кончено, пираты принялись пить и развлекаться с женщинами», а также «обшаривать и грабить городские дома; при этом они допытывались у пленных, кто в городе богаче всех. Пленники им это сказали, и пираты схватили богачей, чтобы дознаться, куда они дели свое добро. Всех, кто упорствовал и не желал по доброй воле признаваться, тащили на дыбу и терзали, пока они не отдавали богу душу или не показывали всё, что от них требовалось. Были и такие, кто не имел вообще никакого добра; они также умирали под пытками, как мученики. Пираты не отпускали никого, и пленники показывали, где спрятано их добро».

О жестоком обращении людей Моргана с пленниками свидетельствуют как английские, так и испанские документы. Так, в «Календаре государственных бумаг» содержится пересказ письма Джона Стайла, отправленного в январе 1670 года из Порт-Ройяла в Англию: «Обычным делом среди приватиров, кроме зажигания фитилей и тому подобных изощренных мучений, является расчленение человека; сначала режут плоть, затем отрезают кисть, руку, ногу, иногда затягивают веревку вокруг его головы и палкой закручивают ее, пока глаза не повылезают, — это называется “вулдинг”. Перед захватом Пуэрто-Бельо так обращались с некоторыми людьми, поскольку они отказывались показать дорогу в город, которой не существовало, и со многими людьми в самом городе, поскольку те не могли показать богатство, о котором они ничего не знали; одна женщина была посажена голой на раскаленный камень и поджарена, так как она не призналась в наличии денег, которыми владела лишь в их воображении; об этом, как он слышал, некоторые говорили хвастливо, а один, который был болен, признался с сожалением».

В испанских документах сообщается о двух жительницах Портобело, которые были уличены в дружеских связях с флибустьерами. Они указывали последним на тех пленниц, у которых могли быть деньги и драгоценности. С этими женщинами «дурно поступали и [их] притесняли». Дон Педро Ладрон де Гевара показал под присягой, что некоторым пленницам «прижигали те части тела, которые он из приличия не может показать».