В 1909 году в Балту прибыла специальная комиссия синода для расследования «балтского движения». Однако ее положение было весьма щекотливым. Раскрыть все преступления иеромонаха Иннокентия — значит привлечь к церкви внимание широкой общественности и открыть ей глаза на грязные дела, совершаемые с благословения святой церкви не только в Балтском, но и в других монастырях. Синодальная комиссия видела, что в «балтском деле» замешано немало служителей церкви-настоятель Балтского монастыря Амвросий, каменец-подольский архиерей Серафим и многие другие. Все это могло лишний раз бросить тень на православную церковь. Комиссия решила тихо, мирно уладить этот скандал, не выносить сор за монастырские ворота. Попьянствовав вместе с новоявленным пророком «святой обители», получив солидный куш от организаторов балтского «чуда», комиссия отбыла в Петербург.

Вскоре после этого появился «грозный» приказ синода за подписью обер-прокурора святейшего Синода Победоносцева, в котором говорилось:

…«Считаем лучшим для церкви божьей инока Иннокентия из вашей обители забрать на время и перевести его под строгое начало испытанного в вере отца Серафима каменец-подольского… Вместе с этим предлагаем прекратить печатание листовок на молдавском языке, равно как и распространение его образа и слухов о его святости и принадлежности к святой троице. Запрещаем также распространять сведения о святости отца Феодосия Левицкого, который нами не канонизирован святым… Если же вы этого не сделаете, то будут предприняты самые решительные меры и по отношению к иноку Иннокентию и к тем, кто способствовал этой ереси».

Согласно распоряжению синода, Иннокентий из Балты был переведен в Каменец-Подольск под «строгое начало» архиерея Серафима Чичагова, а в 1912 году перемещен в Муромский монастырь.

В это время приверженцы Иннокентия, так называемые апостолы и мироносицы, в их числе мать Иннокентия Софья и его брат Семен, закончили подземное сооружение огромного «Нового Иерусалима» близ села Липецкое на несколько тысяч человек.

Автор книги Лесь Гомин без прикрас рисует кошмарные картины жизни обитателей подземелья. Тысячи людей, обманутых и ограбленных, ослепленных надеждой на вечное спасение, были обречены на верную гибель в пещерах «Гефсиманского сада», как именовали иннокентьевцы катакомбы в Липецком. Огромное скопище людей в темных, сырых подвалах подземелья, постоянные посты, грязь — все это способствовало массовым заболеваниям. Сотни людей умирали от тифа, чахотки и заразных заболеваний. Многие сходили с ума.

В Муромском монастыре Иннокентий отнюдь на был на положении узника и кающегося грешника. Его поместили в просторном доме. В нарушение всякого существующего монастырского устава, Иннокентию было разрешено держать около себя до десятка мироносиц-сожительниц, вести самый разгульный, разнузданный образ жизни. Но это не удовлетворяло пророка. Вкусивший от плода тщеславия, он снова хотел видеть перед собой одурманенные толпы людей, приветствующих его криками, жаждущих его благословения. Иннокентий задумал вырваться из монастыря. В уме его созрел коварный план: «Пусть меня освободит сам народ». В Бессарабию полетели письма от Иннокентия к его «апостолам» с указанием поднимать народ. Несколько тысяч одурманенных людей в один из холодных декабрьских дней 1912 года двинулись в направлении Муромского монастыря, в далекий и суровый Олонецкий край, освобождать Иннокентия.