В 1240 г. немецкие и датские рыцари во главе с вице-магистром Ордена Андреасом фон Вельвеном начали широкомасштабное наступление на Новгородское княжество в союзе со Псковом. Зимой 1240 - 41 гг. последовал захват водьской территории и возложение дани. Однако новгородцы с приглашенным Александром Ярославичем (Невским) уже в 1241 г. неожиданно выбивают захватчиков из Копорья и освобождают Водьскую землю. Тех людей из вожан, которые явно держали немецкую сторону (а таких было немало) Невский приказывает повесить. 5 апреля 1242 г. состоялась битва на Чудском озере, где была одержана славная победа над Орденом. Но немецкие нападения продолжались до 1269 г., когда, обеспокоенные успешными походами русских дружин, они просят мира.

Во второй половине XIII в. водь, по всей видимости, окончательно входит в состав новгородских земель и уже не упоминается. Причиной консолидации являлись и прочно вошедшие в жизнь обоих народов социально-экономические связи, и постоянная угроза со стороны соседей. Заметное влияние русской культуры отражается на погребальном водьском обряде, который служит важнейшим идентификатором. В XIII в. обряд трупосожжения в каменных оградках сменяется трупоположением в грунтовых ямах, хотя оба типа захоронений какое-то время сосуществуют.

1384 г ознаменовался постройкой крепости на исконных землях води. Новгородцы «поставиша городок каменный на реке Луге — Яму (Ям — Ямбург, нынешний Кингисепп)», что свидетельствует о сильном новгородском влиянии на водь. В 1397 г. немецкий отряд атаковал Водьскую пятину и опустошил окрестности Ямы. В первой половине XV в. следуют новые нападения немцев. В 20-х гг. магистр Ордена Финне неоднократно вторгается в новгородские владения, сжигает Яму и захватывает много пленных в Водьской земле.

В войне 1444 - 1448 гг. немцы, объединившись со шведами, совместно напали на Водьскую пятину. Упоминается захват немцами множества пленной води, которую угоняют в Прибалтику и селят под Бауском. Интересно, что местное население прозвало их кревингами (krievs — от кривичей, что означает русский, хотя, вероятно, здесь имелся и другой смысл: люди, поклонявшиеся змее, ужу, что тотемно именовалась кривь, поэтому и кривичи — люди криви) — очередное доказательство союза води и Новгорода.

К 1570 г., когда состоялся окончательный захват и разгром Новгорода московским узурпатором и деспотом царем Иваном Грозным, уничтожившим всех членов новгородского вече (от Водьского и ижорского слова «вяче» — люди), и водь, таким образом, как и новгородская, и псковская республики, оказалась целиком в Московии. Тогда и началось постепенное сокращение многочисленного и сильного народа водь. И если новгородцы терпеливо относились к языческой религии води, то московские попы мириться с этим не собирались.

Еще в 1534 г., архиепископ новгородский Макарий уведомлял великого князя Ивана Васильевича (Грозного), что в Водской пятине существуют многие идолопоклоннические суеверия и что у местных народов имеются еще «скверные молбища идолские». Своих мертвых язычники хоронили не по погостам, а по курганам и «коломищам» (от общефинского слова «калма» — «мир мертвых», отсюда и название города Коломны, что переводится как кладбище), к новорожденным призывали «арбуев» (жрецов). Водьские женщины после замужества брили головы и носили «мертвеньи» одежды. Великий князь приказал «прелесь ону искоренить»: разрушались мольбища, рубились и сжигались сакральные рощи и деревья, сбрасывали в воду священные камни, колдунов-арбуев отправляли в Новгород для расправы.