Весной 1553 г. на усмирение восставших был направлен из Казани воевода В. И. Салтыков, но был разгромлен и потерял много воинов убитыми и попавшими в плен. После этого «луговые черемисы воевать» были направлены крупные военные силы из Москвы и других центральных городов. Карательные отряды жестоко расправлялись с местным населением, наводя ужас не только на мятежников, но и на мирных жителей, предавая все огню и мечу.

Документальные свидетельства того времени ярко рисуют и общенародный размах национально-освободительной войны, и его переплетение с борьбой против жестоких, безудержных ясачных поборов, и жестокость карателей, граничащую с геноцидом («воевали и жгли во всех местах»; «воевали луговую черемису, захватили 1600 именитых людей и всех умертвили» и т. п.). Царские войска, подавляя сопротивление восставших, приносили краю большое разорение. В ходе карательных операций были перебиты многие руководители движения (по словам летописцев — «лутчие люди»), а некоторые прибыли в Казань и изъявили свою покорность завоевателям.

В этих условиях «луговой сотник» Мамич Бердей решил предпринять своеобразный политический маневр: образовать на Луговой стороне «царство», править которым пригласил ногайского царевича Ахполбея.

«А Мамич Бердей, — сообщает летопись, — взял к себе царевича Ахполбея, а пришел к ним из Ногай и живет на Луговой стороне, а с ним пришло человек со сто ногай…»

Но тот большой помощи в борьбе с московскими войсками не оказал, вскоре потерял доверие марийцев и был убит.

В это время в положении горных мари и чувашей произошло большое изменение: закончился 3-летний срок освобождения от ясака. Мамич Бердей решил распространить восстание на Горную сторону. С двумя тысячами своих воинов он переправился на правый берег Волги и осадил «острог» (в источниках без названия), где располагались горномарийские и чувашские сотники, сотрудничавшие с московскими властями и войсками. Среди горных и нашлись предатели, пленившие Мамича Бердея и «с ним человек з двести, да тех людей всех побили, а его, изымав, к Государю привели». В награду за это Иван IV вновь, как ив 1551 г., освободил жителей Горной стороны от уплаты ясака на три года.

В том же 1556 г. «на луговых людей» и вообще «на Казанские земли» были двинуты усиленные составы войск. Они разгромили остатки повстанческих отрядов, физически уничтожили их предводителей («казанские люди лутчие, их князи и мурзы и казаки, которые лихо делали, все извелися»). Так в мае 1557 г. первый этап национально-освободительной войны на Луговой стороне потерпел поражение, край был приведен «в конечное смирение».

Но «благоденствие в тишине» продолжалось недолго. Представители царской администрации снова довели терпение населения до предела, и в Марийском крае (на сей раз, видимо, не только на Луговой, но и на Горной стороне) в 1572 г. вновь вспыхнуло восстание. Не рассчитывая на победу только своими силами, его руководители обратились за помощью в Крым. Повстанцы были также связаны с башкирами и Сибирским ханством.

Когда в Москве стало известно об этом, в Марийский край были направлены войска из Казани, Свияжска, Чебоксар, Алатыря, Арзамаса. Но подавить волнения сразу не удалось, хотя никакой военной поддержки из Крыма не поступило. В 1574 г. стали собираться новые военные силы, чтобы «на казанских людей и на черемису… иттить в поход». Мятежники, узнав, какие силы готовы двинуться против них, прислали в Муром, где располагался воевода Большого полка, своих представителей с изъявлением покорности. Но поход русских войск в Марийский край в том году все равно состоялся, и в ходе его был поставлен город Кокшайск. Это было началом осуществления широко задуманного плана планомерного административного закрепления недавно завоеванной территории посредством строительства городов-крепостей.