Изабелла не очень стремилась учреждать инквизицию в Кастилии, так как не хотела попадать в зависимость от Рима. У нее уже были трения с папой Сикстом IV. Этот папа был сыном рыбака и, говорят, так и не смог привыкнуть к ватиканскому великолепию. Человек недюжинного ума, сумевший пробиться из низов, он был известен как прекрасный администратор. Однако как и многие другие папы, он был привержен к кумовству, что иногда вызывало проблемы.

Изабелла попросила Сикста определить своего придворного священника де Бургоса на вакантное место в одну из епархий. Папа был бы рад выполнить ее просьбу, но случилось так, что это место пожелал занять его племянник Рафаэле Риарио. Папа не мог не удовлетворить его просьбу. И это был не единственный случай подобного рода, Изабелле не удалось назначить своих протеже епископом Таррагоны и архиепископом Сарагосы, так как обе эти церковные должности заняли близкие друзья папы.

Фердинанд и Изабелла, недовольные таким оборотом дела, дважды обращались к папе с просьбами (второй раз — почти в форме требования) отменить свое последнее назначение и передать епархию де Бургосу. Сикст ответил, что его власть дана ему Богом, и никто, кроме Бога, не властен над его решениями. Изабелла и Фердинанд отозвали своего посла из Ватикана и приказали испанским подданным покинуть Рим. Сверх того, они сообщили папе о своем намерении созвать духовный совет для обсуждения папских полномочий. Сикст знал, что в Риме многие очень недовольны кумовством, которое он насаждал, и, как умный человек, решил отступить. Он отменил не только последнее, но и два предыдущих назначения, из-за которых вышел конфликт с правителями Испании, и назначил кандидатов, предложенных Фердинандом и Изабеллой.

Это была большая победа Фердинанда и Изабеллы, особенно последней, которая ревниво оберегала Кастилию от влияний извне. В королевском окружении многие убеждали Изабеллу учредить инквизицию. Королева относилась к этому без восторга, видя тут папское влияние. Но был человек, которому она доверяла, — Томас Торквемада.

Прислушиваясь к его советам, королева, однако, продолжала колебаться, опасаясь усиления влияния Ватикана в своей стране. В это время. ее аудиенции добился Охеда, доминиканский аббат из Севильи, фанатик чистоты веры. Он стал горячо убеждать Изабеллу (Фердинанд тогда уехал по делам в Эстремадуру), что без учреждения инквизиции нельзя эффективно противостоять распространению иудаизма.

Изабелла вежливо выслушала его, но он ее не убедил. При королевском дворе были несколько крещеных иудеев, и они ей импонировали. Кроме того, она, зная, что нападки на марранов нередко вызваны завистью к их богатству, хотела хранить законность в Кастилии. Не считал необходимым учреждение инквизиции и Гонсалес де Мендоса, кардинал Испании и архиепископ Севильи. Это был терпимый человек, любивший комфорт и роскошь и не возражавший, когда этим наслаждались другие. Он стал священником не столько по призванию, сколько потому, что это давало ему возможность вести жизнь аристократа-интеллектуала. Он сам был не только священником, но и литератором, и переводил латинскую поэзию. Архиепископ не советовал Изабелле вводить инквизицию в Кастилии, и она, к огорчению Охеды, решила последовать совету архиепископа.

В то время в Испанию приехал главный инквизитор Сицилии де Барберри. И он, и Охеда, убедившись, что Изабелла не поддается уговорам, решили обратиться к Фердинанду. Фердинанд, в отличие от жены, не был человеком тонких чувств. Он любил чувственные удовольствия и не хотел себе в них отказывать. Вместе с тем король стремился доказать, что он настоящий католик. Последнее слово, однако, оставалось за Изабеллой, которая хотела быть полновластной хозяйкой в Кастилии и не склонна была здесь уступать даже влиянию Фердинанда.