Она дала распоряжение архиепископу Севильскому воспрепятствовать распространению иудаизма среди новообращенных. Архиепископ составил инструкцию (что-то вроде катехизиса), которую следовало преподавать в школах и зачитывать в церквях.

На какое-то время дело этим и ограничилось. Но тут произошел инцидент, сам по себе довольно обычный, который, однако, в сложившейся ситуации изменил положение и открыл дорогу для введения инквизиции в Кастилии.

У одного молодого человека из знатной семьи была любовница из семьи новообращенных. Они, тайно от родителей девушки, встречались в ее доме в иудейском квартале. Однажды он навестил ее 18 марта 1478 г., на Святой неделе, а также накануне еврейской Пасхи. Во время любовного свидания юноша был встревожен, услышав шум в доме и голоса гостей. Девушка испугалась, что ее любовник будет обнаружен, и хотела вывести его из дома, но, услышав голоса приближающихся людей, закрыла его в чулане. Случилось так, что отец девушки и его друзья остановились неподалеку от убежища ее любовника и он подслушал их разговор. Он понял, что эти мнимые христиане собрались, чтобы отпраздновать еврейскую Пасху. Молодой человек пришел в ужас. Несмотря на то, что он был любовником дочери хозяина, этот знатный юноша сразу после того, как ему удалось ускользнуть, донес о том, что происходило в доме.

Охеда, которому он все рассказал, обрадовался такому случаю. Все, кто собрались в доме девушки, были арестованы. Произвели дознание, и виновные раскаялись в грехе и просили дать им возможность вернуться в церковь.

К счастью для них, инквизиции в Кастилии тогда еще не было, и просьба их была удовлетворена после наложения церковного наказания.

Охеда же отправился в Кордову, где находились Фердинанд и Изабелла. Прежде чем увидеться с ними, Охеда встретился с Торквемадой и рассказал ему историю о новообращенных, тайно исповедовавших иудаизм. Торквемада был глубоко возмущен и вместе с Охедой направился к монархам, чтобы заверить их, что ради славы католической церкви и блага Испании следует, наконец, учредить в Кастилии инквизицию.

Фердинанд взвесил как возможные выгоды от создания инквизиции, так и возможность усиления влияния Рима и пришел к выводу, что ее учреждение будет полезно. Изабелла неохотно последовала примеру мужа. Они наконец обратились к папе Сиксту с просьбой разрешить создать инквизицию в Кастилии. Такое разрешение было получено в 1478 г., однако оно не было реализовано еще в течение двух лет.

Католические историки утверждают, что Изабелла, как благочестивая женщина, не желала причинять подданным излишних страданий и желала дать еретикам возможность одуматься, с чем и была связана задержка в учреждении инквизиции. Есть и другое мнение: эта задержка вызвана была несогласием с папой. По мнению испанских государей, они сами должны были назначить инквизиторов, и конфискованную собственность следовало распределять без участия Рима. Но оба эти объяснения представляются недостаточными. Думается, Изабелла извлекла уроки из злосчастного царствования ее отца и брата и прежде всего желала мира в стране. Она решилась сделать все королевство католическим, но по возможности предпочитала обходиться при этом без особой жестокости. К тому же, когда было получено папское разрешение, Торквемада вернулся в свой монастырь, а при королеве находился сторонник умеренных мер кардинал Мендоза.

Оба государя были к тому же заняты политическими делами, тем более что Фердинанд только что стал королем Арагона.

Весной 1480 г. Фердинанд и Изабелла отправились в Толедо, где собрались кортесы. Основной целью поездки было принятие присяги на верность двухлетнему сыну Изабеллы принцу Астурийскому. В ходе кортесов были также пересмотрены и дополнены рядом новых положений прежние законы об обращении иудеев в христианство.