Однако силы Пржевальского, физические и моральные, были подорваны. Врачи определили у него нервное расстройство и посоветовали забыть о путешествиях. В Генеральном штабе он получил четырёхмесячный отпуск для восстановления здоровья и уехал в Смоленское имение Отрадное, близ Слободы.

Лучшим лекарством для Пржевальского была работа над очередной книгой, которую он назвал «От Кульджи за Тянь-Шань и на Лобнор». В ней подробно рассказано о второй экспедиции в Центральную Азию. По мере завершения книги крепло желание неисправимого «покорителя пространств» отправиться в новое путешествие. Направление остаётся то же — далёкий, недостижимый Тибет.

В тот день, когда караван вернулся в Зайсан, Пржевальскому исполнилось 39 лет. Он записал в дневнике: «...День этот ознаменован для меня окончанием экспедиции, далеко не столь триумфальной, как моё прошлое путешествие по Монголии. Теперь дело сделано лишь наполовину... экспедиция остановилась в самом начале... Я не унываю!.. Правда, жизнь путешественника несёт с собой много различных невзгод, но зато она даёт и много счастливых минут, которые не забываются никогда. Абсолютная свобода и дело по душе — вот в чём именно вся заманчивость странствований...

Прощай же, моя счастливая жизнь, но прощай ненадолго. Пройдёт год, уладятся недоразумения с Китаем, поправится моё здоровье — и тогда я снова возьму страннический посох и снова направлюсь в азиатские пустыни...»

В лабиринте гигантских хребтов

20 января 1879 года Пржевальский со своими спутниками выехал из Петербурга. Остановившись на несколько дней в Москве, в конце января он прибыл в Оренбург и сразу же направился через Омск и Семипалатинск в Зайсан. Началось его третье центрально-азиатское путешествие.

У Пржевальского, наряду с Фёдором Эклоном, появились новые помощники: Всеволод Роборовский и препаратор Андрей Коломейцев (он вместе с Н.А. Северцовым и Г.Н. Потаниным путешествовал по Монголии, был оставлен ими в Зайсане для препарирования птиц и мелких зверьков, но не получил от учёных никаких средств к существованию). Пржевальский охотно взял Коломейцева в свою экспедицию. Всего в отряде было 14 человек. Груза — около 200 пудов. Особенно тяжелы были охотничьи припасы: патронов и пороха по 3 пуда и дроби 12 пудов. Из научных приборов, как всегда, хронометр, барометры, буссоли, термометры и, конечно, несколько компасов. Продовольствие — стадо баранов — шло «своим ходом». Особый груз составляли 10 пудов серебра и различных подарков для расплаты за услуги с местным населением и властями. Всё это было навьючено на верблюдов, их в караване было тридцать пять. Офицеры, препаратор и переводчики ехали на лошадях, казаки — на верблюдах.

   20 марта 1879 года экспедиция выступила из Зайсана. Через месяц она преодолела бесплодную Джунгарскую пустыню, протянувшуюся на 600 вёрст. Был весенний месяц апрель, но весна (с температурой воздуха до 20 °С) ощущалась только в полдень. Вечером наступала прохлада (7—8°), порой шёл дождь. Ночью же, и особенно утром, ударял совсем зимний мороз. Иногда шёл снег, таявший под первыми солнечными лучами.

В Джунгарии экспедиции встретилась дикая лошадь, о которой Пржевальский слышал от кочевников Гоби. «Тахи» — звали её монголы, «картаг» — киргизы. Но животное оказалось необычайно осторожным и пугливым; подкрасться к ней с ружьём охотнику никак не удавалось. Пришлось «познакомиться» сначала со шкурой дикой лошади, которую подарил Пржевальскому охотник-киргиз. Из наблюдений за поведением животных и стремительно проносившихся мимо табунов составил Пржевальский описание этого неизвестного вида, вошедшего в мировую науку под именем лошади Пржевальского.

1 мая Пржевальский отправил с возвращающимся в Зайсан проводником-киргизом письмо брату Владимиру, в котором писал: «Путешествие наше идёт весьма благополучно.