В числе первых в Москве сформировались приказы, управлявшие княжеским доменом — собственностью великокняжеской фамилии. Дворцовый приказ снабжал дворец и многочисленные царские резиденции припасами. По мере присоединения земель и появления княжеских владений на окраинах рядом с Большим дворцом в Москве появились Новгородский, Тверской и прочие дворцы. Как правило, посты дворецкого и конюшего занимали представители одних и тех же старомосковских фамилий: Морозовых, позднее Захарьиных и Челядниных. Наследование приказных постов замедляло формирование приказного аппарата. Реформы Адашева послужили толчком к организации системы центрального управления на новых началах. В Дворовой тетради 1552–1562 гг. записано до 50 больших и дворовых дьяков, возглавлявших главнейшие приказы или избы. Спустя десятилетия число приказов увеличилось до 80. Штат каждого приказа составляли дьяк, подьячие и писцы числом от 20 до 50 человек.

Характерной чертой системы приказного управления была чрезвычайная дробность ведомств и отсутствие четкого разграничения функций между ними. Наряду с центральными отраслевыми управлениями (Казна, Посольский, Разрядный, Поместный, Разбойный, Ямской приказы, приказ Большого прихода) существовали областные приказы, управлявшие территориями отдельных земель (Тверской, Рязанский дворцы), упраздненными удельными княжествами (Дмитровский и Углицкий дворцы) и вновь завоеванными землями (Казанский дворец). Существовали также различные мелкие ведомства: Земский двор (полицейское управление), Московское тиунство и т. д. Не только областные дворцы, но и центральные приказы имели в своем ведении специально выделенные территории. В пределах своей территории приказ собирал налоги, творил суд и расправу. К примеру, Посольский приказ осуществлял управление Карельской землей.

Первыми в состав думы вошли руководители Казенного приказа — двое казначеев и их помощник, хранитель большой государственной печати — «печатник». В 1560‑х гг. думными дьяками стали разрядный, поместный и посольский дьяки. Они постоянно присутствовали на заседаниях думы и докладывали дела. Дума периодически назначала бояр в качестве постоянных руководителей главных приказов и направляла окольничих в менее важные приказы.

По существу, приказы стали разветвленной канцелярией думы. Таким образом, лишь с образованием приказной системы Боярская дума окончательно конституировалась в высший орган государственной власти. Важной особенностью почти всех новшеств середины XVI в. были сугубый практицизм правительственных мер, слабость их идейного обоснования и несовершенство или отсутствие у них законодательной основы. Приказы не имели регламента, который определял бы структуру новых учреждений и регламентировал их деятельность.

Перемены в центральном управлении неизбежно повлекли за собой реформу устаревшей системы местного управления. Основу этой системы составляли «кормления». Бояре и знатные дворяне получали города и волости в «кормление». Власть на местах находилась в их руках. «Кормленщик» управлял городом или волостью в течение года или двух, творил суд и расправу, а также «кормился» за счет населения, обращая в свою пользу многие поборы. Мнение, будто правительство Адашева издало в 1556 г. закон, отменявший кормление по всей территории Московского государства, не подтверждается источниками. Крупные кормления в Рязани и Костроме были отменены в начале 1550‑х гг. Но после военных побед на востоке и в Прибалтике царь вновь стал награждать своих дворян кормлениями. Вместо полной отмены системы кормлений власти регламентировали кормленные поборы.

В уездах с развитым служилым землевладением дворянские верхи, имевшие право на замещение «кормленных» должностей, прочно держали в своих руках нити управления.