Князь Трубецкой участвовал в военных кампаниях против Польши и Турции, выполняя обязанности генерала-кригскомиссара, т. е. заведовал денежным и вещевым снабжением войск. 28 апреля 1740 Никита Юрьевич Трубецкой назначается генерал-прокурором Правительствующего сената. В этой должности оставался в течение 20 лет. По словам самого Трубецкого, при вступлении в должность, он нашел прокуратуру в запустении. Преодолевая большие трудности, генерал-прокурор стал подбирать себе «добрых и надежных помощников». Через некоторое время Трубецкой получил все прежние «прерогативы верховной власти», что позволило ему значительно возвыситься.

По поручению императрицы Трубецкой иногда выступал и в роли высшего судьи в государстве. Он председательствовал в комиссиях, судивших Б. К. Миниха, А. И. Остермана, М. Г. Головкина и А. П. Бестужева-Рюмина.

Н. Ю. Трубецкой был награжден многими российскими орденами. 5 сентября 1756 произведен в генерал-фельдмаршалы. В 1760 г. он покинул свой прокурорский пост и был назначен президентом военной коллегии, а спустя два года вышел в отставку «с полным пенсионом».

Князь Н. Ю. Трубецкой скончался 16 октября 1767; погребен в Архангельской церкви Чудова монастыря.

О том, в каком положении находились органы прокуратуры, когда их возглавил Н. Ю. Трубецкой, наглядно свидетельствует следующий доклад генерал-прокурора:

В 1740 году апреля 28 дня Ея ж Имп. Вел. имен. указом определен ген. — прокурором из нас всепоследнейших д. т. с. кн. Никита Трубецкой. И понеже ныне в сенатской конторе и во многих коллегиях и в прочих судебных местах и губерниях прокуроров почти никого нет, а в некоторых, малых, хотя и есть, токмо люди уже зело престарелые и к тому неспособные; и для того, дабы ген. — прокурор, имея себе во всех местах добрых и надежных помощников, по званию его подлежащие взыскания и к скорейшему дел произвождению понуждении чинить и во всех местах правосудие наблюдать мог, назнача во все подлежащия места вновь достойных людей, октября 31 дня того ж 1740 г. с показанием, в некоторых местах прежде каких рангов были и ныне необходимо быть подлежит, и в которых местах не были, и в которых ж, буде хотя и определены не будут, впредь до рассмотрения великой нужды не признавается, — представлен был реестр, который ноября 3 дня того ж 1740 г. в правление бывшего герцога Курляндскаго был и апробирован; а потом, в том же 1740-м году декабря 15 числа в правление принцессы Брауншвейг-Люнебургской (происком графов Остермана и Миниха, дабы их в адмиралтейской и военной коллегиях, которые в их ведении тогда состояли, дел видеть было не можно) оная апробация до рассмотрения впредь оставлена; и некоторые потом из оных представленных определены в другие чины, а ген. — прокурор отправлен в Ригу. По возвращении же генерала-прокурора от порученной ему комиссии из Риги, хотя по представлению его сентября 17 дня сего года в Правит. Сенат обер-прокурором действительный камергер Брылкин и определен, однако в прочие места прокуроров по двукратным представлениям и поныне еще не определено.

Князь радел за государственные дела и при необходимости смело опротестовывал решения Правительствующего сената. Генерал-прокурор елизаветинского времени исполнял те же надзорные и контрольные функции, что и его предшественник. От подчиненных ему прокуроров требовал, чтобы они с «наиприлежнейшим трудом крепкое и неослабное смотрение и старание имели» за всеми делами, решения «чинили по указам» и «безволокитно», а на все нарушения и отступления от закона делали вначале устный, а если «не возымеет действие», то и письменный протест.