Однако он утратил то глубокое проникновение в государственные дела, которое имел Ягужинский, стоявший близко к трону. Чтобы располагать необходимыми сведениями о состоянии законности в стране, надо было хорошо отладить работу подчиненных прокуроров, направить ее в нужное русло. С этой целью Трубецкой направил прокурорам несколько обширных инструкций и наставлений.

…С наиприлежнейшим Вашим трудом крепкое и неослабное смотрение и старание иметь;

1. дабы в Пр. Сенат доношения и доклады подаваны были с крепким смотрением о таких делах, кои уже необходимо к решению Пр. Сенату принадлежат, и самой той коллегии решить будет неможно и на что точных указов нет, и во оных все обстоятельства и основательное мнение подписывать так, как указы повелевают; а о непринадлежащем к сенатскому решению, и на что точные указы есть, отнюдь ни о чем не представлять; 2. по интересным, яко то по указам и по присылаемым из губерний и провинций доношениям, и по челобитчиковым делам рассмотрений и решений чинить по указом без всякого продолжения в указанные сроки по регламенту и указом, а особливо челобитчиком волокиты не чинить; и коллегии о том наивсегда предлагать и накрепко смотреть, дабы в решении челобитчиковых дел никому сверх указанного времени продолжения и волокиты отнюдь чинено не было, и колодники б долговременно отнюдь держаны не были, и имеющиеся об них дела без всякого продолжения исследованы и решены были по указом; и в том во всем наиприлежнейше неусыпно по Вашей должности старание иметь. И для такого без упущения дел исправления коллегии надлежащим пристойным образом предлагать, чтоб заседание иметь изволили неотменно во все дни, и приезжать в указанные часы по регламенту; буде ж таковых запущениев умножится, то и после обеда приезжать, как о том прежними указами подтверждено, ибо за неисправление и за несмотрение Ваше всего вышеписанного поступлено будет с Вами по силе инструкции без всякого послабления. И для того и паки чрез сие вам наикрепчайше все вышеписанное в непременное исполнение рекомендуется.

Много внимания генерал-прокурор Н. Ю. Трубецкой уделял «доношениям» своих подчиненных. Когда нужно — поддерживал их в Правительствующем сенате, при необходимости давал прокурорам разъяснения и поручения. Ни одно обращение он не оставлял без внимания.

Елизавета Петровна

Конечно, основная обязанность Н. Ю. Трубецкого, как генерал-прокурора, была сидеть в Сенате и смотреть, чтобы Сенат «свою должность хранил и во всех делах, которые к сенатскому рассмотрению и решению подлежат, истинно, ревностно и порядочно, без потеряния времени по регламентам и указам отправлял». Однако сенаторы часто отступали от этого требования. Нередко там не только допускалась волокита по делам, но не сохранялась даже государственная и военная тайна, что особенно беспокоило императрицу Елизавету Петровну. Она вынуждена была специально обратить на это внимание сенаторов, генерал-прокурора и обер-прокурора. В именном указе от 27 октября 1744 года она писала:

Именной указ императрицы Елизаветы Петровны, данный 27 октября 1744 г. сенаторам, генерал— и обер-прокурорам о хранении в тайне производящихся в Сенате дел

Указ Нашим сенаторам, генералу и обер-прокурорам.

Вы знаете, как нужно содержать в секрете дела государственные нужные и что открытие оных приносит государству невозвратный вред, и Мы, надеяся на вашу верность и знание нужды в содержании секрета, вверяем вам Наши государственные секретные дела по отправлению, для чего при Сенате экспедиция секретная есть. Но с великим прискорбием увидели Мы, что из Сената дела Наши, подлежащие к содержанию в вышшем секрете, выходят наружу и вскоре дошли не токмо до Наших подданных, кому ведать не надлежит, но и до чужестранных, при дворе Нашем обретающихся министров, от которых наипаче должно охраняться, дабы непроведали нужных государства Нашего дел и не могли употреблять оных в пользу своих государей, а во вред государству Нашему; а именно дело о Зенгорском владельце Галдан-Черене увидали чужестранные министры в самых тех числах сентября, в которых оное дело еще было отправляемо в Сенат, и что для того собрания сенатские были, да так точно, что все подробности того дела, яко о числе имеющего нападать неприятеля и определяемых Наших ко отвращению того неприятеля войск, сходно с самым делом знали.