1 апреля 1766 действительный тайный советник и сенатор Шаховской по состоянию здоровья вышел в отставку.

Князь Я. П. Шаховской скончался 23 июля 1777 погребен в Малой Соборной церкви Донского монастыря.

Граф П. И. Шувалов

На следующий день после назначения Я. П. Шаховского генерал-прокурором, 16 августа 1760 года, императрица Елизавета Петровна, обеспокоенная все более распространявшимися случаями нарушения законов и злоупотреблений в присутственных местах и судах, направила специальный указ Правительствующему сенату. Указ этот фактически стал программой действий нового генерал-прокурора. Вступив в новую для себя и столь ответственную должность, князь Я. П. Шаховской решил сразу же разобраться с состоянием надзорной работы прокуроров, для чего потребовал от них представления обстоятельных докладов.

Чтобы проиллюстрировать, насколько принципиально и смело новый генерал-прокурор отстаивал тогда государственные интересы, приведу только один пример. Речь пойдет о так называемых медных деньгах. Основной противник Шаховского граф П. И. Шувалов, будучи начальником экспедиции по переделке мелких денег, представил в Правительствующий сенат проект указа, в котором предлагал переделать всю медную монету таким образом, чтобы из пуда выходило не шестнадцать рублей, как было тогда, а тридцать два. Проект этот, на первый взгляд привлекательный, сенаторы, не особенно вникая в суть дела, одобрили. Категорически возражал против него только генерал-прокурор Шаховской. Он отчетливо понимал вред, который принесло бы государству внедрение в оборот легковесной монеты. Прокурор протестовал в Сенате, но там его не поддержали. После этого он написал письмо императрице Елизавете Петровне:

Всемилостивейшая государыня императрица. Правительствующий Сенат в рассуждении по нынешним в казне деньгам недостаткам последуя предложениям и показуемым расчислениям г-на сенатора гр. Петра Ив. Шувалова, согласно определили, чтоб о размножении легковеснейших медных денег план представить к Конференции вашему императорскому величеству. Но я по многим моим диспутам и по показуемым от него, г-на сенатора гр. Шувалова, изъяснениям (которым все прочие господа сенаторы, кроме гр. Александра Ив. Шувалова, который к тому рассуждению не приступил, — следуют) не мог согласиться и за полезное признать оное медных денег умножение; наивящшее же, что за собственноручным подписанием вселюбезнейшего вашего императорского величества родителя и двумя вашего величества, за собственноручным же подписанием, указами ж умножение медных денег вредом почтено. Все предусматриваемые мною о тех сумнениях и могущие быть в производстве оного нового плана неполезности Правительствующему Сенату, окроме словесных изъяснений, письменно, по должности моей, и с показанием, вместо оного плана, других казне способов предложил. На которое мое предложение он, г-н сенатор граф Петр Ив. Шувалов, письменное возражение подал, коему Правительствующий Сенат, так же как и прежде, согласуя, остались при учиненном своем (о коем уже я выше упоминал) прежнем определении. Но я, и по всем таким производствам, и доныне не могши преодолеть моих сумнений и опасаясь, чтоб я за премолчание, по должности моей, осужден не был, оное Правительствующего Сената определение и мое на то с протестом предложение так, как инструкция моя повелевает, имею в готовности вашему императорскому величеству к высочайшему рассмотрению и благоволению поднесть и готовым себя представляю пред вашим императорским величеством г-дам сенаторам оные мои в том деле сумнения и признаваемые неполезности, для коих я с ними не согласуюсь, ясно доказать.