После долгих колебаний Филипп пускается в путь. Подъезжая к Москве, видит идущую навстречу делегацию ее жителей, они умоляют его вступиться за них перед царем, гнева которого опасаются. По мере приближения к столице жалобы на государя становятся все настойчивее. И даже теплый прием, оказанный ему в городе, не может заглушить поселившегося в нем страха. Царь говорит с ним за обедом и сообщает, что назначает его главой Церкви. Благочестивый игумен умоляет государя не взваливать столь непомерный груз на такую утлую лодку. Но Иван непреклонен. И Филипп произносит: «Повинуюся твоей воле; но умири же совесть мою; да не будет опричнины! да будет только единая Россия! ибо всякое разделенное царство, по глаголу Всевышнего, запустеет. Не могу благословлять тебя искренно, видя скорбь Отечества».

Первый порыв Ивана – отправить безумца обратно в монастырь. Затем передумывает: нельзя же еще раз отказаться от митрополита, кандидатуру которого сам предложил. Не лучше ли сделать Филиппа причастным ко всем своим деяниям, но так, что тот даже не узнает об этом. Тогда за спиной царя в качестве морального укора всем будет стоять почти святой, которого почитает страна. Вместо того чтобы вспыхнуть гневом, он с горячностью обращается к старцу: «Разве не знаешь, что мои хотят поглотить меня; что ближние готовят мне гибель?» И рассказывает о своем плане реорганизации государства, не обращая внимания на просьбы Филиппа отменить перераспределение собственности, вернуть владения старинным их хозяевам. Подавленному разговором с Иваном, ему приходится выдерживать еще и натиск епископов, которые уговаривают его безоговорочно принять предложение царя для блага Церкви и родины, митрополит не должен раздражать его своими поучениями, а употреблять лишь кротость для убеждения. Подумав, Филипп соглашается с их доводами, но не из честолюбия, а от готовности принести себя в жертву. Составляют документ, согласно которому митрополит отказывается от любой критики опричников и обещает никогда не покидать митрополичью кафедру в знак протеста против решений царя. Церемония посвящения проходит в присутствии государя, двух его сыновей, князя Владимира Андреевича и всех архиепископов и епископов. В своей торжественной проповеди Филипп призывает царя вновь стать добрым отцом своим подданным, отказаться от льстецов, которые окружают трон, восстановить в стране справедливость и предпочесть «невооруженную любовь» «военным победам».

На мгновение кажется, что речи митрополита смягчили государя. Но длится это недолго. Он удаляется в Александровскую слободу, где его снова начинают одолевать сомнения: не заодно ли Филипп с боярами; не по их ли наущению потребовал разогнать опричников? Иван дает волю воображению, и, как бы в подтверждение его опасений о существовании разветвленного заговора, ему приносят многочисленные письма Сигизмунда-Августа боярам земщины с призывами восстать против царя – значит, польский король уверен, что недовольных достаточно для этого. Письма приносят сами адресаты, охваченные страхом, которые хотят таким образом доказать государю свою преданность. Среди них князья Бельский, Мстиславский, Воротынский, конюший Иван Федоров.