Второго января 1570 года передовые отряды подходят к стенам Новгорода. Это прекрасный, цветущий, населенный город, гордый своими европейскими традициями. Вокруг него возводят высокие ограждения, дабы никто не мог ускользнуть. Двери храмов заперты, чтобы никто не нашел там убежища. Монахи покидают обители, которые закрывают. Купцы и именитые горожане под арестом в собственных домах. Арестовывают приказных людей и духовенство. Церковнослужители свезены в одно место, им приказано платить выкуп – двадцать рублей за голову. Того, кто не может этого сделать, будут каждый день наказывать ударами палками. В замершем городе люди все еще не могут поверить в происходящее и с трепетом ждут приезда царя.

Шестого января, в праздник Богоявления, государь останавливается в двух верстах от Новгорода. На другой день по его приказу казнят всех церковнослужителей, которые не заплатили выкуп. Их тела отвозят в монастыри, где хоронят. Восьмого января царь с сыном и свитой въезжают в опустевший, замолкший город. На мосту через Волхов с крестами и иконами их встречает архиепископ Пимен. Иван не преклоняет перед ним головы, отказывается от благословения и восклицает: «Злочестивец! В руке твоей не крест животворящий, но оружие убийственное, которое ты хочешь вонзить нам в сердце. Знаю умысел твой и всех гнусных новгородцев; знаю, что вы готовитесь предаться Сигизмунду-Августу. Отселе ты уже не пастырь, а враг Церкви и Святой Софии, хищный волк, губитель, ненавистник венца Мономахова!» Царь приказывает процессии идти в Софийский собор. Сам он направляется туда в сопровождении сына и смиренно стоит во время службы, благочестиво крестится и опускается на колени. Кажется, он забыл о своем гневе и готов простить. Робкая надежда пробуждается у священников, окружающих старого Пимена. После богослужения Иван присутствует на обеде во дворце архиепископа. За столом приехавшие с ним бояре весело переговариваются с духовенством. Посреди трапезы государь поднимается и испускает нечеловеческий крик, опричники врываются в зал, хватают Пимена, срывают с него священные одеяния, связывают других священнослужителей и слуг, волокут их в темницу. Затем грабят дом архиепископа и Софийский собор, унося Святые Дары и священные сосуды.

Со следующего дня Иван начинает вершить правосудие. Ежедневно перед ним и его сыном на большой площади предстает тысяча именитых горожан, купцов, простых жителей. Никакого расследования, опроса свидетелей, защиты, да и собственно суда: все виновны только в том, что новгородцы. Мужей пытают на глазах жен, матерей – перед детьми. Бьют кнутом, ломают кости, отрезают языки, вырывают ноздри, поджаривают на медленном огне. Окровавленные, еле живые жертвы привязывают за голову или ноги к саням, которые волокут их к Волхову, к тому месту, где река не замерзает даже в самые суровые зимы. Здесь новгородцев целыми семьями бросают в ледяную воду. Тех, кто всплывает, стоящие на лодках опричники добивают ударами копий и топоров. Методичное убийство длится пять недель. Иван с сыном не пропускают ни одного дня, наслаждаясь зрелищем. Нет ничего более познавательного для ума, интересующегося таинствами людскими, чем поведение беззащитной жертвы, обреченной на боль и смерть, считает царь. Даже для знакомого с камерами пыток впечатления каждый раз различны. Перед лицом страданий маски любезности, безразличия, высокомерия, решительности, отваги оказываются сорваны, из человека проступает зверь: жертва извивается, кричит с искаженным лицом, забыв о всяком достоинстве, вне зависимости от того, виновна или нет. Одним словом можно остановить страдания, но можно и продолжать. Полученное наслаждение тем больше, чем сильнее унижение жертвы. Полюбовавшись на пытки, царь с царевичем отправляются в церковь, где предаются молитве. По словам Курбского, число жертв достигло пятнадцати тысяч, восемнадцати тысяч – согласно новгородской летописи, двадцати семи тысяч – по свидетельствам Таубе и Краузе, шестидесяти тысяч – утверждает псковская летопись.