Правительство метрополии теперь живо интересовалось Перу. Все поступавшие из этого форпоста империи сообщения свидетельствовали о царившем там хаосе. Больше всех, как на всех испанских колониальных территориях, страдали несчастные индейцы. Инка Манко по-прежнему находился в лагере мятежников, перебираясь из одного тайного и неуязвимого города-крепости в другой. Одним из таких укрытий, несомненно, служил Мачу-Пикчу, и каждый, кто видел развалины этого «потерянного» города, легко поймет, насколько сложно было испанцам справиться с лидером, усвоившим наконец тактику партизанской войны. Характерна для этого периода история о попытке Писарро встретиться с Манко. Инка вновь предложил в качестве места встречи долину реки Юкай, и Писарро, прежде чем отправиться с сильным отрядом телохранителей к месту встречи, отправил к Манко раба-африканца с традиционными дарами. Воины Манко убили посланца. Услышав об этом, Писарро велел схватить одну из жен Инки, юную и очень красивую индианку, привязать ее нагой к дереву перед строем всей своей армии, избить до полусмерти, а затем истыкать стрелами. Известно было, что Манко очень привязан именно к этой девушке, так что едва ли это был самый разумный путь к достижению соглашения.

Однако на протяжении двух последующих лет Писарро все же удалось вернуть контроль над страной. Примечательны в этом плане две экспедиции: поход Педро де Вальдивии в Чили и двухлетняя экспедиция Гонсало Писарро на север. Последняя снаряжалась для исследования совершенно новых земель, что почти невероятно и еще раз подчеркивает необычайное бесстрашие испанцев в их неудержимом стремлении к покорению новых территорий. Дойдя до реки Напо, одного из верхних притоков Амазонки, Гонсало построил небольшую бригантину и отправил на ней одного из своих капитанов, Франсиско де Орельяну, вперед, в поисках продовольствия, тогда как основной отряд продолжал пробиваться через джунгли вдоль берега реки. Однако Орельяна «попал в течение такой силы, что за короткое время добрался до места встречи двух Великих Рек, но не нашел никакого продовольствия; также, измерив проделанный им за три дня путь, он понял, что за целый год невозможно вернуться тем же путем назад…». Он не только добрался до устья Амазонки, но и вывел свое доморощенное суденышко в море, направившись на север к острову Кубагуа в Карибском море – почти невероятное предприятие. Гонсало был в ярости. Его люди голодали, отряд находился в нездоровой местности, среди людей столь примитивных, что они «привязывали переднюю часть своих гениталий между ногами куском хлопковой веревки, которую закрепляли на поясе; у женщин же имелись какие-то лохмотья для прикрытия секретов, но больше никакой одежды». Основной части экспедиции потребовалось больше года, чтобы пробиться назад в Кито, куда испанцы добрались в июне 1542 года – «почти обнаженные, ибо задолго до этого от обильнейших дождей и при иных обстоятельствах одежда сгнила на них, так что теперь у каждого из них было только по два куска оленьей шкуры, прикрывавших их спереди, а также сзади; у некоторых остались старые истлевшие штаны и обувь, изготовленная из сырых оленьих шкур; их мечи нуждались в ножнах и были попорчены ржавчиной; все они шли пешком, их руки и ноги были исцарапаны кустарником и шипами, лицами они напоминали скорее покойников, так что друзья и старые знакомые едва могли их узнать…». Погибло восемьдесят участников экспедиции, а из четырех тысяч индейцев вспомогательного войска умерло больше половины.