В Перу после смерти Писарро возник вакуум власти, заполненный сперва молодым Альмагро, а затем и Гонсало Писарро. Оба они утвердились в качестве военных предводителей не только в нарушение приказов из Испании, но даже путем вооруженного сопротивления представителям короны. Против Альмагро играли его молодость и отсутствие опыта, да еще мешал конфликт с Вакой де Кастро, намечавшимся на пост губернатора в случае смерти Писарро из-за своей неколебимой лояльности короне. Когда дошло до столкновения, он оказался лицом к лицу с одним из самых грозных конкистадоров старой школы – Франсиско де Карбахалем. Карбахаль был уже стар и ожирел. У него «были шутки на все случаи жизни – и на неудачи других людей, и на его собственные. Он смотрел на жизнь как на фарс – хотя сам слишком часто превращал ее в трагедию». Ему приписывают невероятное количество казней, однако люди шли за ним с отчаянной храбростью, и именно это решило исход сражения на равнине Чупас. Молодой Альмагро был захвачен и казнен, и под управлением Ваки де Кастро страна на некоторое время обрела мир.

Власти метрополии, однако, этого не знали из-за затрудненного сообщения между Испанией и Перу. Они все еще получали доклады о гражданской войне, убийствах и безоглядном истреблении и ограблении индейцев. Чтобы разобраться со всем этим, вице-королем назначили Бласко Нуньеса Велу. Он отправился в свою провинцию в сопровождении королевской комиссии из четырех судей, призванной ввести новый умеренный кодекс законов, результат прошений Лас Касаса. К тому моменту, когда вице-король добрался наконец до Лимы, Гонсало Писарро оставил свои исследования серебряных рудников Потоси и перебрался в Куско, где сделался признанным лидером всех недовольных конкистадоров. При поддержке Карбахаля он осадил Лиму. Закончилось все совершенно бескровно: четверо судей комиссии назначили Гонсало генерал-губернатором и отложили введение нового кодекса законов до получения дальнейших инструкций из Испании.

Каждый прибывающий из Индий корабль теперь привозил в Испанию слухи о волнениях в Перу, и в 1545 году император назначил нового вице-короля – Педро де Гаску. Однако де Гаска добрался до Панамского перешейка только к июлю, а к тому времени Нуньес уже потерпел поражение, лишившись головы на поле битвы. Гонсало Писарро стал властителем Перу, Эквадора и Чили. Он обладал первоклассной колониальной армией, поддерживавшей его в своих интересах, и флотилией под командованием Инохосы, господствовавшей над всем западным побережьем Южной Америки. Де Гаска выложил свой единственный козырь – личное повеление императора. Время и его спокойная уверенность взяли свое. Он действовал изощренными политическими методами и, по словам Прескотта, обладал «моральной силой, более могучей, чем его [Гонсало] одетые в сталь полки». Отправленные в Лиму письма обещали прощение, однако не предлагали никаких гарантий в том, что Гонсало будет утвержден в своем положении генерал-губернатора. Предложенные условия были отвергнуты, однако, когда его посланец Альдана прибыл в Панаму с этим ответом, де Гаска убедил его верноподданнически признать волю императора. Его примеру последовал адмирал Инохоса, передавший де Гаске флотилию и вместе со своими офицерами присягнувший на верность короне в обмен на полное прощение.