Де Гаска высадился в Тумбесе 13 июня; Гонсало отступил на юг в Арекипу. Пораженный неудержимым ростом подвластных де Гаске сил, он решился на переговоры. Он согласен был покинуть Перу в обмен на Чили. Он направился к озеру Титикака и послал свои предложения Диего Сентено, старому товарищу по оружию, державшему по поручению де Гаски проходы в Андах. Однако Сентено ответил, что служит королю, и посоветовал безоговорочно капитулировать. У Гонсало не осталось другого выхода, кроме как сражаться, и 26 октября две армии встретились при Уарине, индейском городе на юго-восточном берегу озера Титикака. У Сентено было около тысячи человек, у Гонсало примерно вполовину меньше, причем сражение происходило на головокружительной высоте более \3> 000 футов. К счастью для Гонсало, Сентено был болен плевритом и не мог лично командовать сражением. Несмотря на это, Гонсало и его кавалерия терпели поражение, и только Карбахаль, старый, неукротимый и совершенно непоколебимый Карбахаль со своей пехотой принес бунтовщикам победу в этом сражении.

Потребовалось почти шесть месяцев, чтобы де Гаска достаточно оправился от этого удара и возобновил свой поход на Куско. Армия его к тому времени увеличилась почти до двух тысяч человек. Гонсало не сумел достаточно быстро ответить на действия де Гаски, и это стоило ему контроля над Апуримаком; армия де Гаски пересекла поток на бальсовом плоту. 8 апреля 1548 года два войска встретились у Сакисагуана. Армию Гонсало сопровождало множество индейцев, однако их вряд ли можно было назвать эффективной силой; исход встречи оказался предрешен еще до сражения, когда на виду у обеих армий Гонсало покинули сперва Сепеда, командовавший частью пехоты, а затем Гарсиласо де ла Вега (отец писателя). Их примеру тут же последовал отряд аркебузиров. Примеры эти оказались заразительны, и силы Гонсало буквально растаяли. Сам он был захвачен в плен, как и Карбахаль, пытавшийся без лошади переплыть стремнину. Только вмешательство Сентено спасло его от толпы солдат. Карбахаль, однако, не пожелал признать Сентено, а когда тот назвал его по имени, старый боевой конь, как утверждают, ответил: «Прошу прощения; я так давно не видел ничего, кроме твоей задницы, что успел забыть твое лицо». Старику тогда было восемьдесят четыре года. Он был приговорен к колесованию и четвертованию. Гонсало был обезглавлен.

Наступал конец эпохи конкистадоров. Наплыв чиновников, так донимавший Кортеса в Новой Испании, теперь достиг не только Центральной Америки, но и Южной. Однако вводимые ими новые законы уже не могли остановить истребления индейцев. Манко, выбранный Писарро как марионеточный Инка, которому чуть было не удалось перебить испанцев у Куско в 1536 году, продолжал вести партизанскую войну до самой своей гибели через восемь лет от рук Альмагро-младшего. Впоследствии немногочисленные индейцы, продолжавшие сопротивление, вынуждены были отступать все глубже и глубже в Анды. Их последние твердыни находились в горах между Урубамбой и Апуримаком. Несомненно, одним из них был Мачу-Пикчу. Непроходимые горы не привлекали испанцев, основной целью которых являлось быстрое обогащение. Само существование районов, куда никогда не заходили испанцы, привело к возникновению слухов о затерянных городах и пропавшем золоте Инков. Большинство индейцев, однако, пассивно приняли разрушение собственной цивилизации. С точки зрения пуриков, испанская система encomiendas не слишком отличалась от подобной же системы инков; и та и другая существовали за счет жестокой эксплуатации населения.