Не все вице-короли и губернаторы, управлявшие колониями от имени короны, принадлежали к людям калибра де Гаски или двух последовавших за ним в Перу представителей семейства Мендоса. Колониальный режим, основанный на принципе верховной королевской власти, не был однороден. Индии фактически представляли собой конгломерат королевств, вассально зависимых от Кастилии, а не от Испании, а их законы издавались от имени суверена Королевским и Верховным Советом по делам Индий. Alter ego короля являлся вице-король, а юридическую сторону Совета по делам Индий представляли audiencias, или высшие суды, располагавшиеся в центрах колоний. Колониальная audiencia представляла собой сплав апелляционного суда, административного совета, местной законодательной власти и королевской пятой колонны и обладала колоссальной властью. В ее функции входили надзор за чиновниками и защита индейцев. Это было, несомненно, важнейшее звено в системе мер и противовесов, встроенных в законодательную систему Индий; через его посредство неэффективное правительство быстро заменялось другим; и что еще более важно – достигалась лояльность Индий далекому и занятому европейскими делами императору.

Следует помнить, что в истории Испании не было прецедента, на основе которого она могла бы организовать управление столь огромными и отдаленными территориями. И тем не менее ее колониальная империя просуществовала триста лет. Это в значительной степени объясняется тем фактом, что Испания обладала двумя весьма развитыми бюрократическими инструментами, способными удержать завоеванное конкистадорами, – церковь и Совет по делам Индий.

Авторитет католической церкви в Испании в тот период, после победы над маврами и учреждения инквизиции под началом Торквемады, становился непререкаемым. Из стен ее семинарий выходили высокообразованные молодые люди, искусные в дипломатии и администрировании; а поскольку церковная система образования была, по существу, монопольной, то доктрины церкви регламентировали всю деятельность испанского правительства. К несчастью, некоторые представители церкви в Индиях автоматически переносили на новую почву те приемы и методы, которые применялись ими для подавления мавританского и еврейского влияния в Испании, и зачастую стремились полностью уничтожить культуру и цивилизацию индейцев. Тем не менее без вмешательства церкви положение коренных жителей колоний, без сомнения, оказалось бы еще тяжелее. Лас Касас – самый известный из многих добросовестных священников, неустанно пытавшихся облегчить положение индейцев.

Основу для создания новых законов в Перу дало законодательство более старых колоний, в особенности Мексики, или Новой Испании, где злоупотребления в системе encomiendas, введенной Кортесом и поддерживаемой всеми представителями короны в качестве единственного средства удовлетворить потребности поселенцев в рабочей силе, сделали законодательный контроль необходимым. Совет по делам Индий первоначально основывался на бюрократической машине, созданной единолично епископом Фонсекой. Он был назначен главой соответствующего комитета Совета Кастилии вскоре после первого путешествия Колумба и в 1503 году учредил Палату по делам Индий для регулирования торговли, навигации и заселения Нового Света. Этот прототип колониальной администрации со штаб-квартирой в Севилье ко времени вступления на престол Карла был уже достаточно хорошо отлажен, чтобы расширить его до полномасштабного правительственного департамента. В 1524 году управление колониями перестало быть прерогативой одного человека; образовался комитет из шести советников и секретаря. Под руководством таких сильных личностей, как канцлер Соваж и кардинал Адриан, новоиспеченный Совет по делам Индий приобрел достаточное влияние, чтобы начать оспаривать властные полномочия людей, завоевавших эти земли для своего короля. Применялись обычные бюрократические методы – огромное количество законов, налогов, чиновников и бумаг. Волокита, черствость и произвол чиновников были вопиющими.