Не занимая никаких должностей в правительственном механизме, будучи фаворитом царя и пользуясь его доверием, Франц Яковлевич располагал огромной властью. Он разбирал жалобы челобитчиков, руководил подготовкой к путешествию царя в Архангельск, командовал выборным полком, выполнял отдельные поручения царя, требовавшие сиюминутного исполнения.

Еще в 1692 году Лефорт получил командование над первым выборным полком, что, между прочим, вызвало сильное неудовольствие Патрика Гордона, который считал за собой больше прав на эту должность. Франц Яковлевич проявил большое старание в деле обучения своего полка. Желая укрепить в нем дисциплину и основательно заняться подготовкой солдат, он выпросил у Петра место для плаца и поселения солдат, разбросанных до того по Москве. Место было отведено на левом берегу Яузы, напротив дома и сада Лефорта. «У меня самое лучшее место в Слободе, — писал Лефорт брату в сентябре 1692 года. — Перед моим садом протекает прекрасная река, а с другой стороны я велел построить деревню из 500 домов для моих солдат… Я также повелел построить там беседку, поскольку его величество большой любитель солдат, и он часто приезжает смотреть на учение моего полка». Эта слобода получила название Лефортовской, а впоследствии и весь район стали называть Лефортово.

Весной 1694 года Петр вторично отправился в Архангельск. 29 апреля Лефорт дал прощальный обед для отъезжающих. «Его величество, — писал он брату Ами, — оказал мне честь, обедал и затем ужинал у меня. Приглашен был весь двор, то есть князья и бояре. В большой зале, которую я построил благодаря щедротам его царского величества, разместились вдоль оной более двухсот человек. Солдаты, которые должны были ехать с нами, были угощены после обеда, и было выпито за счастливое путешествие его царского величества». Часть свиты выступила в путь в тот же день, другая выехала 30 апреля, а Лефорт — 1 мая. До Вологды они ехали сухим путем, а в Вологде путешественники, среди которых находился и Лефорт, пересели на корабли и поплыли по Сухоне и Северной Двине. 10 мая флотилия из двадцати двух кораблей достигла Архангельска и была встречена девятью залпами пушек и ружейной стрельбой. Петр сразу же отправился на верфь для осмотра строившегося там корабля, заложенного в предшествующий приезд его в Архангельск. Спуск на воду состоялся 20 мая, а спустя десять дней корабль, получивший имя «Святой Петр», снялся с якоря и отправился к Соловецкому монастырю. Можно предполагать, что Лефорт сопровождал царя.

Первого июня 1694 года, когда корабль находился в открытом море, поднялась сильная буря, едва не унесшая жизнь Петра и сопровождавших его спутников. Местная летопись так описывает случившееся: «Когда из устья Двины реки вышли, тогда ветер к Соловецкому монастырю был благополучен; но как зашли за морскую губу, Унскими рогами называемую, тогда нечаянно восстал ветер сильной и прикрутной, от которого причинилась буря великая в море, и от того суда государевы носились нужно волнами. Все тогда утверждения на судах начали сокрушаться, и едва якорями могли содержаться. Все тогда были в толь великой скорби и печали, что и отчаиваться начали о избавлении своем, чего ради все мольбы ко Господу Богу приносили, и преосвященный архиепископ Афанасий молебное пение совершал, а государь, учиня христианскую исповедь, приобщался святых тайн пречистого тела и крови Христовой из рук преосвященного». Находившиеся на корабле считали свою гибель неминуемой, но благодаря стараниям и искусству кормчего Антипа Тимофеева корабль был спасен. Он бросил якорь у Петроминского монастыря, где путешественники в течение пяти дней пережидали бурю. В честь спасения Петр сам соорудил крест и вместе со свитой поставил его на берегу.

Шестого июня море успокоилось. «Святой Петр» отправился в путь и 7 июня бросил якорь у стен Соловецкого монастыря.