О своей болезни Франц Яковлевич впервые известил брата Ами в письме от 6 декабря 1695 года: «Я же чувствую себя не совсем хорошо. Возвращаясь из степи, или пустыни, я упал и ударился правым боком о камень… Дражайший брат, прошу вас извинить меня — я не в состоянии написать другим (почерком. — Н. П.) из-за опухоли в правой стороне желудка. Врачи и хирурги прикладывают мне пластыри днем и ночью. Кроме того, я принимаю лекарства». 28 февраля 1696 года ему же Лефорт писал: «…Ввиду того, что мне мешает нарыв, и я пишу на коленях, простите меня, если я не напишу вам много. Я извиняю себя только тем, что, признаюсь вам, с момента моего возвращения из-под Азова я все время чувствовал себя плохо и страдал от сильных болей. Слава Богу, что нарыв прорвался наружу, в течение пятнадцати дней я надеюсь выздороветь и поехать в Азов… Моя болезнь очень огорчает его царское величество, и он лично несколько раз заставлял делать мне перевязки в его присутствии. Ввиду того, что отверстие большое, гноя выходит много. Нарыв только недавно созрел».

Брата Исаака Франц в тот же день тоже известил о своей болезни: «Извините за почерк. Я лежу в кровати, не могу писать на столе из-за моего нарыва на правой стороне».

Надежды на выздоровление в течение пятнадцати дней не оправдались. Болезнь истязала Лефорта с некоторыми перерывами до конца его дней и явилась причиной его смерти в сравнительно молодом возрасте.

Как могло случиться, что Франц Яковлевич, будучи прекрасным наездником, так неудачно упал с лошади? В письмах брату он ни словом не обмолвился о причине своего падения. Можно было бы подумать, что его лошадь оказалась норовистой и сбросила седока. Но ведь Лефорт имел широкий выбор — по его словам, его конюшня насчитывала несколько десятков лошадей, и вряд ли он мог выбрать такую, которая не слушалась его. Быть может, лошадь поскользнулась на земле, покрытой тонким слоем льда? Но и это кажется автору маловероятным, поскольку ранние морозы не могли придать земле твердость, не поддающуюся воздействию шипов подковы. Еще одной причиной падения Лефорта могло быть нетрезвое состояние наездника. Позволительно высказать догадку, что Лефорт и умалчивает о причине своего падения именно потому, что счел неудобным называть ее. Но это, конечно, всего лишь авторская догадка.

Особенно мучительны для Лефорта были переезды. Болезнь не дала ему возможности уехать в Воронеж вместе с Петром и задержала его в Немецкой слободе. В письме брату Исааку от 28 февраля 1696 года он сообщал о том, что царь «отправился в Воронеж, город на Дону, для устройства галер, пока я не поправлюсь». Петр обменивался с Лефортом письмами, в которых неизменно проявлял заботу о здоровье своего друга.

Сохранилось несколько писем Лефорта Петру. Часть из них написана адмиралом собственноручно по-русски, но латинской транскрипцией. 8 марта 1696 года он писал царю: «Дай Бог тебе здорова на многи лета. А я, слава Бог, получе». Через пару дней целых два письма. В одном он сообщал царю: «Я рад бы ад суди (отсюда. — Н.П.) скоро ехать. Бог знать, как на дороге рана моя будет. Здесе на дурной жить везде пустой, и крушина многи». В другом извещал Петра: «Я от своей скорби малою отраду себе слышу. После отъезду милости вашей была у меня огневица дня с три, да проволилась другая рана подле прежней. Материя (гной. — Н.П.), благодарю Бога, вельми идет. Невозможно мне здесь на Москве излечиться. Как могу, так поспешу к милости вашей. Пожалуй, отпиши, что пришло к вашей милости галеев, и вода вскрылась ли. Нынешний путь — ни саньми, ни телегою». 21 марта снова: «Челом бью милости твоей, что пожаловал, прислал мне пластеру (пластыря. — Н.П.). Я бы к милости вашей от всей души своей рад поспешить — путь такой, что ни в санях, ни в телеге.