Для отвода участков дубрав, предназначавшихся для каждого из 52 «кумпанств», были назначены думный дворянин Иван Петрович Савелов и дьяк Никита Павлов. Они справились с заданием к середине марта 1697 года: описали леса, составили необходимые чертежи, определили расстояние отведенных участков от реки Воронеж и оценили возможность сплава леса. Выполнив задание, Савелов и Павлов сочли необходимым поделиться своим мнением относительно качества леса: «дубовый лес плох, крепковистый, не высокий и не гладкий и не толстый»; однако оценить степень его пригодности для кораблестроения «без корабельных мастеров и без знающих людей невозможно». Сомнения Савелова и Павлова на ход работ не повлияли: к началу августа 1697 года отвод лесов «кумпанствам» был завершен. Еще до окончания этой работы думный дворянин и дьяк доносили, что «плотники и работники леса рубят, и пилуют, и заготавливают, и те заготовленные леса из лесов почали вывозить на Воронеж и складывают на отводных указных местах».

Работников, способных выполнять работу, как черновую, не требовавшую квалификации, так и квалифицированную, непосредственно связанную с постройкой кораблей, не хватало. С завоеванием Азова и строительством флота связано введение новой трудовой повинности; со всей страны были согнаны плотники на верфи и на сооружение Троицкой крепости у гавани в Таганроге. Они оказались в крайне тяжелом положении — без крова в зимнюю стужу и осеннюю слякоть, со скудными запасами сухарей в котомках, они валили лес, пилили доски, расчищали дороги, углубляли фарватер реки, строили корабли. Треть, а то и половина людей, приверстанных к кораблестроению, не выдерживали столь тяжелых условий жизни и спасались бегством. Случалось, бежали все до единого привезенные в Воронеж. Весть об изнурительных условиях работы на верфях достигала уездов, где шла мобилизация работников, и население, дабы избежать этой повинности, разбегалось по лесам. В особенно тяжелом положении оказалось население прилегавшей к Воронежу округи — именно она поставляла основной контингент работников верфей и гавани.

Представление о том, какое количество плотников было необходимо для строительства Воронежского флота, дает штатное расписание, учитывавшее потребность в людях при постройке одного корабля: требовалось иметь одного мастера и одного подмастерья из иноземцев, двух иноземных плотников, двух мастеров-кузнецов из иноземцев, четырех русских кузнецов, 60 плотников «самых добрых, со всякими ж плотничьими снастьми», одного резчика «со всякою снастью», одного столяра, одного лекаря с аптекой и одного живописца или маляра «со всякими красками» — итого 74 человека.

Не подлежит сомнению, что самым трудным делом было укомплектовать штат иноземными специалистами. Их полный комплект отсутствовал во всех «кумпанствах». Во всяком случае адмиралтеец Протасьев в мае 1697 года жаловался Головину, что голландец Франц Тиммерман взял на себя обязательство поставлять мастеров-иноземцев, «но по се число мастеров не поставил ни одного человека». В дальнейшем дело с мастерами несколько выправилось, и Протасьев извещал царя в конце того же 1697 года, что некоторые «кумпанства» уже спустили на воду несколько галер.

Для борьбы с беглецами были приняты крутые меры. Количество беглых отчасти уменьшилось и благодаря средству, предложенному Протасьевым, — введению помесячной смены работников. «И от того, — рассуждал Протасьев) — в деле великая споризма будет и им работникам льготнее, и бегать, мню, что не станут.