Выше назывался срок готовности Воронежского флота — корабли должны быть спущены в реку Воронеж в период весеннего половодья 1698 года. Предполагалось, что к этому времени на родину из-за границы возвратится Великое посольство и Россия возобновит активные боевые действия против Турции. Но к тому времени внешнеполитическая ситуация коренным образом изменилась. В 1698 году в Карловцах, в Славонии, начал работу международный конгресс, завершившийся подписанием мира между государствами «Священной лиги» (включая Россию) и Османской империей. Вместо борьбы за выход к южным морям предстояло вести борьбу за выход к Балтийскому морю. Это, однако, нисколько не повлияло на продолжение строительства Воронежского флота.

После возвращения в Москву в августе 1696 года Петр вынужден был возобновить розыск о стрелецком бунте, и это помешало ему отправиться в Воронеж, чтобы посмотреть, с каким успехом ведется кораблестроение. Царь задержался в Москве на два месяца и прибыл в Воронеж лишь 31 октября, проведя в пути восемь дней. 3 ноября в письме к Виниусу он объяснил причину столь продолжительного путешествия: «Мы в сем пути несказанную нужу принели от непогодов, однако по суетному времени той же час позабыли, как приехали». Позабыть трудности пути царю помогли впечатления от увиденного. Скромный и тихий городок превратился в грандиозную строительную площадку, на верфях города трудились многие тысячи согнанных со всей России плотников, кузнецов, пильщиков, работников, валивших вековые дубы и доставлявших их на верфи. «Мы, слава Богу, во изрядном состоянии нашли флот и магазейны обрели», — делился царь с Виниусом. 19 ноября он сам заложил по своим чертежам линейный корабль, названный им «Предестинацией», то есть «Божьим предвидением», длиной в 130 футов (40 метров), шириной в 32 фута (9,8 метра), вооруженный 58 пушками.

Первое впечатление Петра оказалось, однако, обманчивым. Более основательное знакомство с состоянием дел на верфях опрокинуло радужные представления об успехах в постройке кораблей. Оказалось, что часть нанятых за границей кораблестроителей, называвших себя мастерами, таковыми не являлись. Это и неудивительно: хорошо знавшие свое дело корабельные мастера были востребованы у себя на родине, на службу же в Россию нанимались те, в чьих услугах в их собственных странах не нуждались. К тому же Владимирский судный приказ, осуществлявший общее руководство воронежским кораблестроением, не выполнил обещание прислать в Воронеж макеты кораблей, которыми должны были руководствоваться корабельные мастера. Все это не способствовало высокому качеству построенных кораблей.

Цесарский резидент Гвариент сообщал в Вену 29 ноября 1698 года: «Жар и восторг, с которыми приготовлялись к наступающей войне, почти охладели; государь исключительно занят переделкою и постройкою кораблей. Дорого построенные корабли дурны и скорее годятся под купеческий груз, чем для военных действий».

Главная причина брака заключалась в использовании сырого, непросушенного леса. На верфях «кумпанств» отсутствовали эллинги, и сооружавшиеся корабли использовали доски только что срубленных дубов; доски эти подвергались воздействию непогоды. Кроме того, нередко вместо железных гвоздей использовались деревянные.

В итоге многие корабли оказались непрочными или недостаточно устойчивыми на воде. Две комиссии, осматривавшие корабли на их пригодность к эксплуатации, обнаружили в некоторых из них существенные недостатки.