Цыклер подсказал обиженным, как можно избавиться от отправки за границу их отпрысков, — для этого надлежало государя «изрезать ножей в пять». Соковнину он заявил: стрельцам можно «государя убить, потому что ездит он один, и на пожаре бывает малолюдством».

Под пыткой обвиняемые признали свою вину. Цыклер показал, что рассчитывал поднять донских казаков на бунт: «Как буду на Дону у городового дела Таганрога, то оставя ту службу с донскими казаками пойду к Москве для ее разорения и буду делать то же, что и Стенька Разин». Стрелецкому пятидесятнику Василию Филиппову он говаривал против отправки Великого посольства: «В государстве ныне многое нестроение для того, что государь едет за море и посылает послом Лефорта, и в ту посылку тощит казну многую, и иное многое нестроение есть, можно вам за то постоять». Перед казнью Цыклер сделал еще одно признание, на этот раз порочившее Софью, — перед первым Крымским походом царевна его часто призывала и велела, чтобы он над царем учинил убийство, за что обещали пожертвовать деревню. Однако в то время он, Цыклер, в просьбе царевне отказал.

Петр принял живейшее участие в расследовании дела, причем проявил при этом крайнюю жестокость. Он же разработал церемонию казни. Экзекуция проходила 4 марта 1697 года. Цыклер, Соковнин, Пушкин и их сообщники были казнены, причем казнь сопровождалась кощунственной церемонией: Петр считал идейным вдохновителем заговора умершего еще в 1685 году Ивана Михайловича Милославского, организатора стрелецкого бунта 1682 года. По повелению Петра гроб покойного был извлечен из могилы, привезен в санях, запряженных свиньями, к помосту, где производилась казнь, и поставлен под ним, чтобы кровь казненных лилась на гроб. Цыклер и Соковнин подверглись четвертованию, Пушкина обезглавили сразу. Были казнены и два стрелецких пятидесятника. Головы пяти казненных были воткнуты на железные рожны, вделанные в столб, поставленный на Красной площади. Трупы лежали у столба до июля.

Еще до этого процесса, в конце 1696-го — начале 1697 года, Преображенский приказ вел розыск по другому делу — кружка старца Авраамия, строителя подмосковного Андреевского монастыря. Следствие, однако, показало, что Авраамий и его сообщники никакой опасности для режима не представляют: у старца, придерживавшегося старомосковских взглядов, вызывало протест поведение Петра: «А в народе тужат многие и болезнуют о том: на кого было надеялися и ждали, как великий государь возмужает и сочетается законным браком, но, возмужав и женясь, уклонился в потехи, оставя лучшее, начал творити всем печальное и плачевное». Авраамий осуждал поведение Петра во время триумфального шествия войск из-под Азова, когда он шел пешком, а Шеин и Лефорт ехали: первый в карете, а второй в санях. Не одобряли члены кружка Семеновские и Кожуховские маневры. Участникам кружка был вынесен сравнительно мягкий по тем временам приговор: старца Авраамия сослали в Голутвин монастырь, а его сообщников после наказания кнутом отправили в Азов. Кстати, среди единомышленников старца значился и знаменитый публицист петровской поры Иван Посошков. Но никаких слов, осуждавших Петра, он не произносил (что подтвердил и Авраамий), а потому от наказания был освобожден.

Заговор Цыклера и дело Авраамия озаботили царя, однако нисколько не отразились на его планах. Великое посольство, как и намечалось, должно было отправиться в путь. Петр смолоду не привык менять своих решений и проявлял настойчивость в их реализации.

Свои полномочия по управлению государством он передал трем боярам: своему дяде Льву Кирилловичу Нарышкину, Борису Алексеевичу Голицыну, оказавшему ему неоценимую услугу во время борьбы с Софьей, и князю Петру Ивановичу Прозоровскому. Четвертым лицом, обеспечивавшим спокойствие в столице, был князь-кесарь Федор Юрьевич Ромодановский, руководитель Преображенского приказа, занимавшегося политическим сыском.