Его религиозные убеждения стали более твердыми. Не последнюю роль сыграл в этом Ницше – его книга „Так говорил Заратустра“ возмутила Льва Николаевича: „Читал Ницше „Заратустра“ и заметку его сестры, как он писал, и вполне убедился, что он был совершенно сумасшедший, когда писал, и сумасшедший не в метафорическом смысле, а в прямом, самом точном: бессвязность, перескакивание с одной мысли на другую, сравнение без указаний того, что сравнивается, начала мыслей без конца… и все на фоне пункта сумасшествия – idéе fixe о том, что, отрицая все высшие основы человеческой жизни и мысли, он доказывает свою сверхчеловеческую гениальность. Каково же общество, если такой сумасшедший, и злой сумасшедший, признается учителем?“

Опровергая Ницше, воспевающего могущество человека, который может стать сверхчеловеком, Толстой смиренно склонялся перед Богом и наслаждался этим. Писал о себе, как о „гадине отвратительной“, признавал, что никогда не знал точно, зачем родился и куда шел, что только Всевышнему известна эта тайна. Теперь он каждое утро молился Богу, разговаривал с ним на страницах дневника:

„Господи – ты, который во мне, разгорись во мне, дай мне любви…“ Тем не менее, признавая собственное бессилие и мерзость, пребывал в убеждении, что призван на землю ради того, чтобы учить других. Пишет об этом со спокойной уверенностью: „Только бы помнить, что я не частный человек, а посланник: обязанности которого в том, чтобы 1) никогда не уронить достоинства того, кого представляешь, человеческое достоинство; 2) всегда во всем действовать по его предписанию (любовь); и 3) всегда содействовать тому делу, для которого послан (царство Божие); 4) всегда при столкновении Его интересов с своими, жертвовать своими“.

Пока Лев Николаевич задумывался о расширении своей апостольской деятельности, Русская православная церковь размышляла, как бороться с его влиянием. В 1886 году архиепископ Херсонский и Одесский Никанор в своих проповедях говорил об этом новоявленном еретике; в 1891-м Краковский протоиерей Буткевич обвинил Толстого в неверии и безбожии; во время голода 1892 года священники в деревенских церквях призывали не принимать хлеб отступника; в 1896-м Победоносцев безуспешно пытался получить у царя разрешение на ссылку писателя в монастырь в Суздаль. Наконец, в апреле 1900 года митрополит Санкт-Петербургский Антоний, недовольный нападками на православную Церковь, столь явно прозвучавшими в „Воскресении“, с подачи Победоносцева решился на отлучение Толстого от Церкви. В предписании, адресованном служителям Церкви, говорилось, что запрещается совершать поминовение, панихиды и заупокойную литургию по „графе Льве Толстом в случае его смерти без покаяния“. После нескольких месяцев размышлений члены Святейшего Синода, собравшись в полном составе, решили смягчить формулировки, и 22 февраля 1901 года было официально опубликовано постановление Синода, подписанное тремя митрополитами и четырьмя епископами:

„В наши дни, Божьим попущением, явился новый лжеучитель, граф Лев Толстой. Известный миру писатель, русский по рождению, православный по крещению и воспитанию своему, граф Толстой, в прельщении гордого ума своего, дерзко восстал на Господа и на Христа его и на святое Его достояние, явно перед всеми отрекся от вскормившей и воспитавшей его матери, Церкви православной, и посвятил литературную свою деятельность и данный ему от Бога талант на распространение в народе учений, противных Христу и церкви, и на истребление в умах и сердцах людей веры отеческой, веры православной, которая утвердила вселенную, которою жили и спасались наши предки и которою доселе держалась и крепка была Русь святая“.