Заброшенному, никому не нужному подростку требовалось к кому-то прилепиться душой. Вполне естественно, что на эту роль более всего подходил его духовник протопоп Яков Игнатьев. Человек сильный и властный, он, кроме того, хорошо понимал движения души человеческой. Через него Алексей сблизился с другими представителями просвещенного духовенства. В древнем городе Москве, где он был забыт отцом, как ненужная вещь, царевич полюбил бесчисленные московские святыни, соборы и часовни, весь религиозный православный дух.

Вокруг него стали собираться единомышленники и сочувствующие. В круг общения царевича входили муж его кормилицы Василий Колычев, Александр Кикин, бывший денщик Петра, родные дядя царевича Абрам Лопухин и тетка Настасья Троекурова. Общался царевич и с представителями старой русской аристократии — Яковом Долгоруким и Дмитрием Голицыным, которые были уверены, что он станет «монархом милостивым и разумным».

Петр стремился сделать из сына «настоящего мужчину» — свое полное повторение. Не раз зазывал он его на «Всешутейский собор». Но молодой человек оставался чужд и петровским забавам, и его политическим устремлениям. У него, по словам Н. Костомарова, «должно было образоваться противное отцовским воинственным влечениям миролюбивое настроение. Алексей не любил ни войны, ни военщины, не пленялся завоеваниями и приобретениями: его идеал был мир и покой. Одним словом, все, что особенно любил отец, должно было сделаться особенно противным сыну, и все, что ненавидел отец, тянуло к себе сыновнее сердце».

Напрасно Петр пытался приохотить его к разгулу — сам не чуждый порокам своего времени, царевич считал унизительным разделять их с постоянным отцовским окружением.

Алексей тайком ездил в Суздаль повидаться с матерью. Узнав об этом, Петр избил его до синяков. Но царю не было известно, что царевич переписывался с родительницею, в чем ему помогала сестра государя Марья Алексеевна.

Каким же унижением царицы Евдокии и глумлением над Церковью и ее обрядами явился для царевича приказ Петра выступить в роли крестного отца при переходе в Православие его сожительницы Марты! Каких душевных мук стоила ему эта прихоть Петра! Царевич превозмог себя и сумел сохранить добрые отношения со своей «духовной дочерью».

В попытках приохотить сына к государственным делам Петр в 1708 году, когда тому исполнилось восемнадцать лет, назначил его губернатором Москвы. В его обязанности входил надзор за состоянием укреплений Кремля, набор рекрутов, снабжение их продовольствием, сбор налогов у населения. Деятельность царевича была отражена в полусотне писем, отправленных им отцу из Москвы, готовящейся к возможной осаде. В следующем году Алексей собирал хлеб и войска в Смоленске, привел к отцу в Сумы новые полки. Но все эти занятия «не его», он делал это через силу, не то что, например, Меншиков, который в таких заботах резвился, как рыба в воде. Петр, несмотря на свою толстокожесть, ощущал внутреннее сопротивление Алексея.

Однако тот справился со своими обязанностями достаточно хорошо, хотя Петр и упрекал его за низкое качество рекрутов. Непонятно, что заставило Петра отослать Алексея в 1709 году обучаться в Дрезден — не желание же сделать Алексею приятное. «Я вам приказываю, — сухо писал царь сыну, — во время вашего пребывания там вести себя достойно и серьезно заняться вашим образованием, главным образом, иностранными языками… Посвятите также ваше время геометрии и фортификационной науке, а также политическим делам… И на том, с Богом».