В ходе новой войны с поморами и пруссами тевтонцы, с помощью крестоносцев из Германии и Польши, вновь одержали верх. В 1246 году Святополк был вынужден заключить новый мир. Он обязался порвать отношения с пруссами, помогать тевтонцам в войне с язычниками и оставить родного сына в заложниках.

Однако вскоре Святополк вновь поднял восстание против крестоносцев. И лишь в 1248 году, окончательно исчерпав свои силы, Святополк при посредничестве папского легата заключил мирный договор с крестоносцами.

С помощью того же легата и при его посредничестве 7 февраля 1249 года крестоносцы заключили соглашение с новокрещеными пруссами из Померании, Вармии и Натангии. Местные христиане получили определенные права. Они имели право самостоятельно покупать и продавать землю, распоряжаться движимым имуществом и вступать в брак.

Со своей стороны пруссы гарантировали придерживаться христианства, сохранять верность ордену и не сжигать своих мертвецов. Однако пруссов-христиан было еще очень мало и они нетвердо придерживались принятых обязательств. В скором времени они объединились с язычниками, устроили засаду на дороге между рыцарскими замками и уничтожили крупный отряд крестоносцев.

Ордену вновь оказали поддержку европейские рыцари, которые прибыли в Пруссию в 1257 году в большом количестве. С помощью этого крупного воинского контингента были покорены Померания, Вармия, Натангия, Бартия и Галиндия. Местные жители были вынуждены принять христианство.

В 1252 году Тевтонский орден завоевал Поморье. Спустя год крестоносцы заключили новый мир со Святополком на условиях, что в случае его нового выступления против ордена, он будет лишен города Гданьска.

С помощью западноевропейских рыцарей тевтонцы покорили в 1254 года Самбию. В 1255 году был основан Кенигсберг, который впоследствии стал одним из крупнейших портов Балтийского моря. Однако в 1259 году объединенное войско Тевтонского и Ливонского орденов вместе с датскими рыцарями потерпели сокрушительное поражение от литвинов под командованием князя Миндовга в битве при озере Дурбе.

Сразу же усилилось сопротивление пруссов. В том же году орден меченосцев возобновил боевые действия против местных племен Восточной Прибалтики, а также предпринял опустошительные рейды в направлении русских городов Пскова и Новгорода.

В сопротивлении с неверными крестоносцы не считали обязательным придерживаться норм христианской морали. В 1260 году орденский прокуратор Вармии и Натангии Вальрод Мирабилис пригласил на пир в замок Ленценберг местных прусских аристократов. Подобные собрания случались уже не раз, поэтому пруссы пришли, не предприняв никаких мер безопасности.

В самый разгар пиршества по приказу прокуратора в помещении, где собрались прусские аристократы, были заколочены двери и окна, а сам дом подожжен. Никто не сумел вырваться из огня. В ответ на это злодеяние во всех прусских землях вспыхнуло восстание.

Верность крестоносцам сохранили только Хелминская земля и Помезания. Они были почти целиком заселены колонистами-христианами. В восстании приняли участие самбийские, натангийские, варминские, бартийские и погезамские пруссы. Размах восстания в сентябре 1260 года был настолько мощным, что орденское государство едва не рухнуло.

В ряде случаев повстанческие отряды возглавили пруссы, которых крестоносцы в младенческом возрасте отправили в Германию для воспитания в христианском духе. Те христиане, которые не успели укрыться в замках, были убиты прямо в своих колониях. Повстанцы сжигали костелы и убивали священников.

Как сообщал орденский хронист, одного священника пруссы положили головой между двух бревен и, сжимая их, постепенно задушили, говоря с издевкой, что не смеют проливать кровь такой святой особы. Некоторых пленных пруссы приносили в жертву своим богам.