Уже понятно, что Ньютон обращался с Флемстидом очень дурно – по-видимому, считая его или (в лучшем случае) надоедливым типом, или (в худшем случае) неизбежным злом. Флемстид сам это понимал; он осознал, что Ньютону требуется звездный каталог для собственных целей. В одной из заметок он писал, что «сэр И. Н. заставил вытряхнуть перед ним мои закрома и теперь благородно являет публике мой собственный труд, видимо желая, чтобы его похвалили за то, что он его раздобыл». Он желал компенсации морального ущерба (которая не повредила бы его карману), ибо иначе «неблагодарность моей страны сэр И. Н. объяснит моей же глупостью».

Переговоры о публикации звездного каталога тянулись весь 1704 и 1705 год, к немалому раздражению Ньютона. Шли дискуссии об ошибках при наблюдении, о деталях публикации, о вопросах доставки рукописи. Флемстид писал о Ньютоне: «Я не добиваюсь его расположения, между тем его натура требует, чтобы ему льстили и громко им восхищались». И вот в марте 1706 года Флемстид явился домой к Ньютону, где заинтересованные стороны наконец достигли соглашения. «Сэр Исаак осведомился, доволен ли я теперешним положением вещей; я отвечал: весьма странно, что на меня обращали столь мало внимания, хотя я более прочих вовлечен в этот предмет; мне показалось, что он раздосадован моим замечанием».

Флемстид откладывал передачу издателю каталога неподвижных звезд под тем предлогом, что каталог еще не готов к печати, и это породило новую стычку с Ньютоном. Видимо, у того случился очередной приступ ярости, поскольку Флемстид затем отметил, что Ньютон отличается «характером гордым и надменным». Далее астроном сообщал, что сэр Исаак «сам преспокойно говорит о своих ошибках, но не в состоянии сдержаться, когда слышит о них от ближних». Очень похоже на Ньютона: приступ гнева против человека, осмелившегося задать ему вопрос и бросить вызов. Флемстид добавляет: «Я всегда полагал его вероломным честолюбцем, чрезвычайно падким на лесть и не терпящим возражений».

Продолжались нескончаемые обсуждения, откладывания и взаимное непонимание, так что, когда в 1708 году принц Георг скончался, проект временно отложили в ожидании подходящего попечителя. Ньютон пришел в ярость из-за того, что лишился возможности ознакомиться с наблюдениями Флемстида, и в ближайший же год добился исключения королевского астронома из числа членов Королевского научного общества – за неуплату взносов. Флемстид написал коллеге, что «сокрушен» Ньютоновым «скаредным, хитроумным и коварным» поведением. Последуют и новые вспышки этого конфликта.

Впрочем, Флемстид особо выделяет одно заседание Общества в 1705 году, где Ньютон казался «более обыкновенного радостным и веселым». Как раз тогда королева Анна возвела его в рыцарское достоинство – не за научные заслуги или службу в Монетном дворе, а за политические свершения во имя государства. Так или иначе, он стал первым математиком и первым ученым, удостоенным такой чести. Королева специально приехала в Кембридж, дабы провести церемонию; по воспоминаниям Стакли, «Ее Величество изволили отобедать в Тринити-колледже, где и посвятили в рыцари сэра Исаака, а затем отправились на вечернюю службу в церковь Кингс-колледжа». После церемонии студенты столпились вокруг Ньютона, а он «восседал вместе с главами колледжей, и мы смотрели на него и не могли насмотреться, точно на некое божество». Однако новое почетное звание не помогло его политической карьере. Когда в этом же году Ньютон решил выдвинуться в парламент от университета, он получил меньше голосов, чем другие кандидаты. На этом его парламентская жизнь завершилась.

Но он продолжал железной рукой управлять Монетным двором.