За то непродолжительное время, в течение которого Панкратьев возглавлял Прокуратуру Союза ССР, он сумел провести целый ряд мероприятий, направленных на активизацию прокурорского надзора на всех важнейших участках работы. В отличие от своего предшественника А. Я. Вышинского, часто пускавшего пыль в глаза, делавшего ставку на раскручивание помпезных политических процессов, новый Прокурор Союза ССР занимался в основном будничной, повседневной работой органов прокуратуры. Поэтому его деятельность не была столь броской и эффектной, и с первых же дней стала вызывать нарекания у высшего руководства страны. Достаточно отметить, что вскоре после его назначения Комиссия партийного контроля при ЦК ВКП(б) проверила работу Прокуратуры СССР по рассмотрению жалоб, направленных из партийных органов, и нашла ее крайне запущенной. И хотя было совершенно очевидно, что все недостатки следовало бы отнести на счет бывшего Прокурора Союза ССР Вышинского, тем не менее Бюро КПК при ЦК ВКП(б) 8 июля 1939 года приняло решение указать Прокурору СССР Панкратьеву на то, что он «не принял до сих пор мер к ликвидации преступного отношения некоторых работников прокуратуры к жалобам и заявлениям» и проявил «медлительность в наведении порядка в работе аппарата Прокуратуры СССР». Подписал это решение председатель КПК при ЦК ВКП(б) Андреев.

С 26 по 29 января 1940 года в Прокуратуре Союза ССР состоялось первое Всесоюзное совещание прокуроров по общему надзору. В нем приняли участие начальники отделов общего надзора прокуратур союзных республик, 2 автономных республик, 17 областей, некоторые областные, городские и районные прокуроры, работники центральных аппаратов Прокуратуры Союза ССР и Прокуратуры РСФСР. Вскоре после этого, в марте и мае 1940 года М. И. Панкратьев провел еще ряд крупных мероприятий — всесоюзные совещания прокуроров морского и речного флота и прокуроров уголовно-судебных отделов и др.

Как прокурор Союза ССР Панкратьев не пользовался уважением и популярностью у своих коллег. Уже через несколько месяцев после его назначения на этот пост некоторые старейшие работники центрального аппарата обратились с письмом к секретарю ЦК ВКП(б) А. А. Жданову. Они писали о том, что постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия» указало на «грубейшие искривления советских законов органами НКВД и обязало эти органы и прокуратуру не только прекратить эти преступления, но и исправить грубые нарушения законов, которые повлекли за собой массовое осуждение ни в чем неповинных, честных советских людей к разным мерам наказания, а зачастую и к расстрелам». И далее: «Эти люди — не единицы, а десятки и сотни тысяч — сидят в лагерях и ждут справедливого решения, недоумевают, за что они были арестованы и за что, по какому праву мерзавцы из банды Ежова издевались над ними, применяя средневековые пытки».

В письме напоминалось, что вместо мобилизации всех усилий на немедленное выправление «преступной линии мерзавца Ежова и его преступной клики» происходит обратный процесс и что пришедший на смену Вышинскому Панкратьев «не может обеспечить проведение в жизнь» решения СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года «в силу своей неавторитетности в прокурорской среде, а особенно в глазах работников НКВД». Это наглядно проявлялось, по их мнению, в его участии в заседаниях Особого совещания, где «решающее значение и окончательное слово» принадлежит не представителю надзора — прокурору, а Берии и его окружению. «Присутствующий на этих совещаниях т. Панкратьев, — отмечалось в письме, — склоняет голову перед кандидатом в члены Политбюро т. Берией и молчаливо соглашается с явно неправильными решениями. Таким путем проваливаются на особых совещаниях правильные и законные протесты Прокуратуры СССР при прямом попустительстве Прокурора СССР т.