В Прибалтике М. И. Панкратьев остался еще на пять лет. Он был избран членом партийной комиссии при политуправлении штаба Прибалтийского военного округа. Командование отмечало, что судебные процессы он проводит хорошо и на высоком политическом уровне. Военный совет округа дал, в частности, положительную оценку процессу, проводившемуся военным трибуналом округа под председательством Панкратьева в феврале 1946 года по делу о массовых зверствах и разрушениях в Прибалтике.

За время службы в Прибалтийском военном округе М. И. Панкратьев редко бывал в Москве, где оставались проживать его жена и дочь. Ольга Сергеевна руководила лабораторией на кондитерской фабрике «Ударница», а дочь Галина после окончания школы с золотой медалью поступила на исторический факультет Московского государственного университета. Связь Михаила Ивановича с семьей настолько ослабла, что даже о свадьбе дочери он узнал последним. Она вышла замуж за сына советского посла в Голландии Бориса Сергеевича Крылова. Вскоре у них родилось два сына, Сергей и Николай.

По всей видимости, М. И. Панкратьев и дальше продолжал бы успешно служить на военно-судебном поприще, если бы не допустил одну серьезную «политическую» промашку. Суть ее была изложена в записке, направленной на имя секретаря ЦК ВКП(б) Г. М. Маленкова 3 марта 1950 года заведующим административным отделом ЦК ВКП(б) Громовым и заведующим сектором Лопуховым. В ней отмечалось:

«Министр юстиции СССР т. Горшенин просит ЦК ВКП(б) освободить т. Панкратьева от должности председателя военного трибунала Прибалтийского военного округа, а материалы о его антипартийном поведении передать на рассмотрение КПК при ЦК ВКП(б).

Министр юстиции СССР т. Горшенин свою просьбу об освобождении т. Панкратьева от занимаемой им должности мотивирует тем, что 20 декабря 1949 года на общем открытом собрании военных трибуналов и прокуратуры Прибалтийского военного округа, т. Панкратьев в своем выступлении допустил ряд антипартийных, клеветнических и политически ошибочных высказываний».

Что же случилось на открытом партийном собрании 20 декабря 1949 года? В тот день торжественные собрания и заседания проходили повсеместно — страна отмечала 70-летие И. В. Сталина. В Прибалтийском военном округе доклад «Товарищ Сталин — вождь и организатор большевистской партии и Советского государства» сделал майор юстиции Певзнер. После него выступил М. И. Панкратьев, который поделился своими воспоминаниями о встречах (впрочем, немногочисленных) с И. В. Сталиным. Вначале все шло хорошо. Панкратьев, отдавая должное вождю, сказал, что Сталин «далеко предвидел вперед», «глубоко анализировал события», «всегда ставил предельно ясные вопросы». Затем Панкратьева «занесло». Он простодушно стал рассказывать о том, о чем следовало бы умолчать.

Говоря, например, о методах ведения следствия, Панкратьев, со ссылкой на Сталина, заявил, что вполне допустимо применение физического воздействия в отношении обвиняемых в контрреволюционных преступлениях. Далее, опять же ссылаясь на вождя, он объяснил причину фактического запрещения досрочного освобождения осужденных. Сталин будто бы сказал, что закон о досрочном освобождении плохой, так как приговор должен быть устойчивым и выполняться полностью.

М. И. Панкратьев был вызван в Москву, в ЦК ВКП(б). Там он признал «допущенные им грубые ошибки и недостойное поведение». Постановлением Секретариата ЦК ВКП(б) от 13 марта 1950 года (подписано Г. М. Маленковым) Панкратьев был освобожден от занимаемой должности. По партийной линии ему был объявлен строгий выговор с предупреждением.

В октябре 1950 года Михаила Ивановича Панкратьева отправили в отставку.