В 1932 году он становится начальником Одесской зенитно-пулеметной школы ОГПУ, которая спустя год, в связи с начавшейся реорганизацией военных пограничных школ (они тогда укрупнялись), влилась в 1-е Петергофское пограничное училище им. К. Е. Ворошилова. В училище Бочков занимал должности командира учебного дивизиона, помощника начальника штаба, командира пехотного отделения. 1935 год оказался переломным в судьбе Виктора Михайловича. Он получает возможность основательно пополнить свое образование, так как в мае становится курсантом общевойскового факультета Военной академии имени М. В. Фрунзе. Через три года он получил диплом с отличием и государственная экзаменационная комиссия присвоила ему квалификацию командира с высшим военным образованием. Академия характеризовала его следующим образом: «В работе принципиален, напорист, аккуратен».

В 1938 году В. М. Бочков получает направление на службу в Дальневосточный военный округ, где ему предстояло стать начальником оперативного отдела. Однако выехать на Дальний Восток ему тогда не пришлось, поскольку неожиданно он получил новое назначение — его направили на службу в систему Народного комиссариата внутренних дел СССР.

Помощник начальника Главного управления ПВО майор Богданов в сентябре 1938 года в служебной записке писал о Бочкове: «Имеет по всем предметам исключительно отличные оценки. Выдающийся и талантливый командир».

В ноябре 1938 года В. М. Бочков становится начальником Главного тюремного управления НКВД СССР, а позднее — начальником 4-го отдела (Особого) Главного управления государственной безопасности НКВД СССР, где он и прослужил до 1940 года. Ему довелось участвовать в боях с японцами на Халхин-Голе, а также в войне с Финляндией (на Ухтиномском и Выборгском направлениях). За боевые операции на Халхин-Голе Виктор Михайлович был награжден орденом Красного Знамени, а за финскую кампанию удостоен ордена Ленина.

Указом Президиума Верховного Совета СССР от 7 августа 1940 года Виктора Михайловича Бочкова неожиданно назначают Прокурором Союза ССР. Это было довольно странное выдвижение, поскольку Бочков не только не имел никакой юридической подготовки, но и вообще, даже отдаленно, не был как-либо связан с деятельностью органов прокуратуры, юстиции или суда. Не занимал он и высоких партийных постов. Возможно, Сталин хотел, чтобы в столь суровое время (уже полыхала Вторая мировая война) прокурорскую систему в стране возглавлял военный, то есть человек безоговорочно признающий жесткую дисциплину. Не исключено, что столь высокому назначению Бочков обязан В. М. Молотову, к которому был довольно близок.

С первых же дней своей работы на новом месте В. М. Бочков столкнулся с неимоверными трудностями. Не будучи юристом, не имея никаких практических правовых навыков, не зная даже толком структуру органов прокуратуры, не говоря уже о тонкостях прокурорского надзора, уголовного или гражданского законодательства, новый Прокурор Союза ССР по всем чисто профессиональным вопросам находился в «плену» своего аппарата. Конечно, «первую скрипку» играл тогда Г. Н. Сафонов — бывший заместитель Бочкова, который не раз в его отсутствие исполнял обязанности Прокурора Союза ССР. Однако, обладая хорошим политическим чутьем, В. М. Бочков умел выдерживать нужный (прежде всего для партии) курс органов прокуратуры. Он продолжал активную «циркулярную» деятельность. Достаточно отметить, что только за первые месяцы он подписал и направил на места свыше 25 приказов и указаний по важнейшим вопросам прокурорского надзора, хотя вряд ли мог глубоко вникнуть в их смысл и содержание.

В ноябре 1940 года Прокурор Союза ССР В. М. Бочков провел Всесоюзное совещание руководящих прокурорских работников. На нем отмечалось, что «уровень работы прокурорских органов все еще отстает от требований, предъявляемых к прокуратуре партией и правительством на данном этапе». Совещание высказалось за «необходимость решительной и коренной перестройки работы прокуратуры во всех ее звеньях».