Прокуроры просили секретаря ЦК ВКП(б) Жданова «взяться за это дело первостепенной важности и, если нет никакой возможности изменить преступную практику, прививаемую в стенах НКВД, переменить систему, возложить на прокуратуру пересмотр дел, неправильно решенных ежовской бандой, без участия в этих делах «авторитета» т. Берии, который вольно или невольно культивирует защиту «чести мундира» работников НКВД во что бы то ни стало. Подумайте только, — продолжали они, — что сотни тысяч людей, ни в чем неповинных, продолжают сидеть в тюрьмах и лагерях, а ведь прошел почти год со дня решения ЦК партии. Неужели это никого не беспокоит? Поговорите с прокурорами специальных прокуратур (железнодорожной, водной), и они Вам расскажут факты, от которых волосы встают дыбом, и покажут эти «дела», этот позор для Советской власти». Наряду с этим прокуроры просили «исправить грубейшую ошибку» с назначением Панкратьева. «Дайте нам высокоавторитетного руководителя, способного дать по рукам и Берии».

Конечно, это обращение ничего не изменило ни в положении самих прокуроров, ни в отношении к органам прокуратуры со стороны властей. Панкратьев продолжал оставаться на посту Прокурора Союза ССР, а НКВД по-прежнему вершил свои дела.

В силу целого ряда обстоятельств, в том числе и личностного плана (низкий общеобразовательный уровень, недостаточная твердость, простодушие, неумение эффектно преподнести властям свою работу, что особенно ярко проявилось на фоне такого человека, каким был А. Я. Вышинский, — блестящего оратора и эрудита, изворотливого и хитрого, когда нужно — беспощадного), М. И. Панкратьев не мог, конечно, долго удержаться в кресле Прокурора СССР. Формальным поводом для освобождения его от занимаемой должности 7 августа 1940 года стало якобы необеспечение руководства работой прокуратуры по выполнению Указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 июня 1940 года «О переходе на восьмичасовой рабочий день, на семидневную рабочую неделю и запрещении самовольного ухода рабочих и служащих с предприятий и учреждений».

Ольга Сергеевна вспоминала: «Я узнала о том, что его сняли, из газет и сразу вылетела к нему из Сочи. Он очень переживал, но старался не подавать виду. Говорил: «Не волнуйся, за мной ничего нет, я кристально чист. Вы с Алечкой можете спать спокойно».

Вскоре для М. И. Панкратьева нашлась подходящая должность (конечно, со значительным понижением, но все же номенклатурная) в системе Наркомата юстиции СССР. Нарком Н. М. Рычков внес представление в ЦК ВКП(б) об утверждении его в должности заместителя начальника управления военных трибуналов Наркомата юстиции СССР. Просьбу поддержали ответственные работники управления кадров ЦК ВКП(б). В записке по этому вопросу отмечалось, что при проверке работы Прокуратуры Союза ССР, в связи с передачей дел новому Прокурору СССР, «крупных недочетов в работе прокуратуры не обнаружено», и что Панкратьев, по их мнению, с новой работой справится. В личной беседе, состоявшейся в ЦК ВКП(б), Панкратьев заявил, что предлагаемая работа в аппарате Народного комиссариата юстиции его вполне удовлетворяет. Назначение М. И. Панкратьева на новую должность состоялось в октябре 1940 года.

В октябре 1943 года М. И. Панкратьев стал председателем военного трибунала 2-го Прибалтийского фронта. В этой должности он служил до конца Великой Отечественной войны. В августе 1945 года, в связи с реорганизацией фронтов, нарком юстиции СССР Н.