В Неделю православия 1655 г. богослужение в кремлевском Успенском соборе было особенно пышным. В присутствии российских и иностранных архиереев московский патриарх довершил начатую ранее расправу с иконами "франкского письма". Моровую язву, солнечное затмение и другие бедствия приписывали россияне отданному Никоном год назад приказу выцарапывать глаза таким иконам. Народ волновался, в адрес патриарха неслись угрозы. В присутствии царя, придворных и духовенства, при огромном стечении народа патриархи Московский и Антиохийский предали анафеме и отлучили от Церкви всех, кто изготовлял или держал у себя "франкские" иконы. Показывая народу конфискованные образа, Никон разбивал их в щепки об пол и объявлял имена сановников, у которых они найдены. Царь стоял с непокрытой головой и лишь когда патриарх приказал сжечь щепки, тихонько попросил предать их земле, а не огню. Никон соблаговолил согласиться.

После расправы патриарх Московский произнес проповедь против двоеперстного крещения, утверждая, что православными оно нигде в мире не употребляется, и заставил патриарха Макария подтвердить свои слова. В тягостном молчании расходились люди с богослужения, закончившегося оскорблением народных верований, но ни один не посмел возразить духовному владыке. Можно было открывать церковный собор.

В марте 1655 г. на соборе с участием греков Никон закрепил решение об исправлении русских церковнослужебных книг и обрядов по образцу древних и истинных греческих. Оценка его мотивов затруднена тем, что сам Никон, не говоря о современниках, характеризовал их по разному, при этом все публичные доводы, начиная с важнейших, были ложными. Служебник 1656 г. уверял, что на соборе в Москве первым делом была оглашена грамота патриарха Паисия о решениях константинопольского собора. Похвалив "возлюбленного брата и сослужебника", Константинопольский патриарх благословлял его на устранение разногласий в обрядах, положительно ответил на все 27 вопросов Никона и указал на другие подлежащие исправлению "нововведения" Русской церкви.

В действительности грамота не могла читаться перед собором: она пришла в Москву через два месяца после его окончания. Константинопольское духовенство московские затеи не поддержало, а Паисий предостерег Никона от внесения раздоров в Церковь: "Ты жалуешься сильно на несогласие в кое-каких порядках, существующих в Поместных церквях, и думаешь: не вредят ли эти различные порядки нашей вере? В ответ на это мы похваляем мысль — поелику кто боится впасть в малые погрешности, тот предохраняет себя от великих, но исправляем опасение… Если случится, что какая-нибудь Церковь будет отличаться от другой какими-либо порядками, неважными и несущественными для веры, или такими, которые не касаются главных членов веры, а относятся к числу незначительных церковных порядков, каково, например, время совершения литургии или вопрос о том, какими перстами должен благословлять священник, и подобные, то это не должно производить никакого разделения, если только сохраняется неизменно одна и та же вера. Это потому, что Церковь не с самого начала получила тот устав чинопоследований, который содержит в настоящее время, а мало-помалу… Рабу Господню не подобает устраивать свары (2 Тим. 2:24), и особенно в вещах, которые не принадлежат к числу главных, и существенных, и членов веры…".

Соборный ответ Никону гласил, что русские могут креститься и двумя перстами, как греки — тремя, это дело безразличное, "лишь бы только благословляющий и благословляемый имели в мысли, что это благословение нисходит от Иисуса Христа". Даже обвинить Иоанна Неронова и епископа Павла эта грамота помогла лишь постольку, поскольку Никон солгал, написав Паисию, что их книги и обряды противны и Русской церкви, и Греческой, что они вводят совсем новые порядки. В действительности в вопросе о введении трехперстного крещения все было против Никона: древние книги и иконы, старинные сочинения Максима Грека и митрополита Даниила, решение Стоглавого собора и всенародная привычка.