После того как свергнутый Петр оказался под надежной охраной, встал вопрос о том, как с ним поступать в дальнейшем. Дело в том, что в начале июля 1762 г. в России оказалось три монарха, из которых Екатерина была царствующей, а два законных — свергнутых: Иоанн Антонович находился в заточении в Шлиссельбургской крепости, а Петра было решено отпустить на временное проживание в Ропшу, в карете с закрытыми окнами. Екатерина и ее окружение сочли опасным для себя проживание двух свергнутых императоров в Шлиссельбурге, и поэтому было решено переселить Иоанна Антоновича в Кексгольм, а Петру местом постоянного заточения определить Шлиссельбург.

Стремление Екатерины избежать превращения крепости в склад свергнутых императоров легко объяснимо. Особо опасным считался Петр Федорович на этом основании, что он полгода царствовал и знал прелести порядков, при которых любой его каприз немедленно и безоговорочно исполнялся, в то время как Иоанн Антонович с грудного возраста содержался в строгом заточении, и от него тщательно скрывали его происхождение и право на престол.

Императрица хорошо знала неуравновешенный характер своего бывшего супруга и учитывала возможность непредсказуемых действий с его стороны, способных вызывать потрясения занятого ею трона. Между двумя узниками существовало еще одно важное различие: выражаясь языком того времени, Иоанн Антонович не располагал «партией», готовой поддержать его притязание на восстановление на престол, в то время как у Петра Федоровича могло появиться хотя и незначительное число сторонников, но готовых сохранить верность присяге и поддержать его, а, кроме того, его поддерживали вызванные им из Голштинии родственники.

В этих условиях существовало три возможных варианта дальнейшей судьбы Петра Федоровича. Первый из них, которого добился Петр и который более всего не устраивал императрицу, состоял в том, чтобы отпустить его в любимую им Голштинию. Не надо было обладать проницательностью Екатерины, чтобы определить всю опасность исполнения этого варианта — слабовольный император мог запросто оказаться марионеткой в руках авантюристов и дворов, враждебных России. Второй вариант состоял в физическом уничтожении Петра, но он тоже не устраивал императрицу, и без этой меры догадывавшейся, что организованный ею переворот сильно подмочил ее репутацию у многих европейских дворов. Насильственная смерть законного императора лишь усилила бы неприязнь к императрице. Оставался третий вариант, который поддержала Екатерина и который мог закрепить за нею репутацию сердобольной императрицы, тем более что она, судя по всему, намеревалась содержать узника в комфортных условиях.

Местом заточения Петра был избран Шлиссельбург, куда еще 28 июня, в день переворота, был отправлен генерал-майор Никита Санин с заданием подготовить лучшие покои для Петра, а Иоанна Антоновича на следующий день перевести в Кексгольм. 2 июля подпоручик Георгий Плещеев доставил в крепость некоторые вещи Петра Федоровича.

Сохранилось три письма Петра III к Екатерине II, отправленные из Ропши: два из них датированы 29 и одно 30 июня 1762 г. Их содержание свидетельствует о подавленном состоянии бывшего императора. В первом из них он просил: «сжальтесь надо мною и оставьте мне единственное утешение, которое есть — Елизавета Романовна». В другом письме Петр Федорович просил «отправить меня в чужие края с теми, которые я ваше величество прежде просил». О чем просил Петр бывшую супругу явствует из письма Екатерины генералу В. И. Суворову от 30 июня, в котором она велела ему отправить в Ропшу лекаря Лидерса, арапа Нарцисса да обер-камердинера Тимлера; «да велите им брать с собой скрипку бывшего государя, его мопсиху собаку».