Как только закончились празднества, посвященные рождению царевича, 27 марта 1690 года скончался патриарх Иоаким. В своем «завещании» он призывал царя отказаться от встреч с иноземцами, лишить их командных постов в армии, не давать строить кирхи в Немецкой слободе и ввести смертную казнь для тех, кто проповедует обращение в другую веру. Таким образом, патриарх озвучил отвращение русского народа к людям, приехавшим из других мест, которые говорили на непонятном языке, молились в сараях, не почитали Богородицу и – о ужас! – ели траву, называемую салатом, «совсем как скотина». Вовсе не думая слушаться указаний покойного, Петр предложил сделать его преемником просвещенного и либерально настроенного псковского митрополита Маркелла. Но царица Наталья Кирилловна, которая не разделяла приверженности сына ко всему западному, следуя советам духовенства, оказывала предпочтение митрополиту Казанскому Адриану. Предлогов, чтобы отодвинуть Маркелла, оказалось достаточно: этот священник говорил на «варварских» языках (каковыми являлись латынь и французский) и к тому же его борода не была достаточной длины.

Раздраженный этим решением, Петр вновь испытал необходимость избавиться от опеки всемогущего духовенства. Русская Церковь образовала государство в государстве со своим огромным богатством, бесчисленными землями, не облагаемыми налогами, своим собственным правосудием, крепостными крестьянами и собственными укрепленными крепостями-монастырями. Патриарх, избранный церковным собором с одобрения царя, становился независимым от государя сановником, который не подчинялся никому. От него зависели митрополиты, архиепископы, епископы, монахи, попы. Монахи были холостыми и, как правило, хорошо образованными; попы – женаты, несчастны, необразованны. Они не имели доверия у народа, который видел в них не проводников Божьей воли, а простых служителей культа с красивыми голосами и торжественными жестами. Чтобы утвердить преимущество духовной власти над временной, царь по традиции принимал участие в церковной процессии, проходившей в Вербное воскресенье в Москве. Он должен был вести под уздцы осла, везущего патриарха. Петр отказался следовать этому обычаю. Его так и не увидели покаявшимся и идущим со склоненной головой рядом с ослом, на котором вальяжно устроился глава Церкви в своих самых дорогих одеждах. Царь продолжал дружеские отношения с обитателями Немецкой слободы. Ксенофобия Иоакима, Натальи Кирилловны и думского боярства становилась для него невыносимой, как и все, что ему напоминало о старой Руси. Петр хотел сбежать от этих обычаев предков, в которых ему было тесно, как в тяжелых одеждах с запахом ладана и плесени. Взбунтовавшись против традиций предков, он обедал у генерал-майора Патрика Гордона. В пятьдесят пять лет Гордон вступил в русскую армию, воевал в Швеции, Германии, Польше, участвовал в двух печально известных кампаниях Василия Голицына в Крыму, в нескольких коммерческих миссиях в Англии. Именно он дал Петру инструкторов для обучения его потешных полков. Во время государственного переворота именно он убедил иностранных офицеров выступить против регентши и присоединиться к царю в Троице-Сергиевой лавре. С того дня он стал другом и советчиком Петра, которому нравился рыцарский характер генерала, знание западных нравов и его суровая мудрость с налетом педантичности.

Другим «другом и советчиком» молодого государя стал швед Франц Лефорт, который также примкнул к Петру в критический момент. Непоседливый искатель приключений, Франц Лефорт служил под разными знаменами, прежде чем высадился в Архангельске и завербовался в русскую армию.