Покинутый регентшей, Шакловитый был доставлен на следующий день, 7 сентября, в Троице-Сергиеву лавру и подвергнут допросу. Под пытками он сознался в некоторых крамольных мыслях, отрицал все попытки сжить со света Петра. Однако эти оговорки не спасли ему жизнь. Он был приговорен к смерти и обезглавлен 11 сентября, так же как и другие главари. Василий Голицын, благодаря вмешательству своего двоюродного брата Бориса, был не казнен, а сослан в деревушку, затерянную на Севере, где на один рубль в день он должен был жить с семьей, состоящей из пяти человек. Настал час Софьи. Петр писал своему брату Ивану:

«Братец, государь царь Иоанн Алексеевич, с невестушкою, а с своею супругою, и с рождением своим в милости Божией, здравствуйте!..Милостию Божею вручен нам, двум особам, скипетр правления прародительского нашего Российского царствия, якоже о сем свидетельствует матери нашей восточной церкви соборное действо в 7190 году (1682)… А о третьей особе, чтоб быть с нами в равенственном правлении, отнюдь не упоминалось. А как сестра наша царевна София Алексеевна государством нашим учила владеть своею волею, и в том владении, что явилось особам нашим противное, и на роду тягость, и наше терпение о том тебе, государь, известно. А ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищами, не удовлетворялся милостию нашей, преступя обещание свое, умышляли с иными ворами об убивстве над нашим и матери нашей здоровьем, и в том по розыску и с пытки винились. А теперь, государь братец, настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есьми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей (ц. С.А.) с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дела быти не изволяем… Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте, тому зазорному лицу государством владеть мимо нас! Тебе же, государю брату, объявляю и прошу: позволь, государь, мне отеческим своим изволением, для лучшей пользы нашей и для народного успокоения, не отсылаясь к тебе, государь, учинить по приказам правдивых судей, а неприличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре. И как, государь братец, случимся вместе и тогда поставим все на мере, а я тебя, государя брата, яко отца почитать готов… Писал в печалях брат ваш царь Петр, здравия нашего желаю и челом бью».

Обладая слишком слабым рассудком, чтобы ответить на это важное письмо, Иван важничал, хранил молчание и ждал, когда буря утихнет. Тогда Петр послал в Москву боярина Ивана Троекурова, своего компаньона по детским играм, с приказом объявить Софье, что она должна отправиться в Новодевичий монастырь, недавно выстроенный поблизости от столицы. Подавленная и униженная царевна поняла, что ее партия проиграна. Она, конечно же, сожалела о том, что не умертвила Петра, когда он был еще ребенком, а отправила его вместе с матерью в Преображенское. Снисходительность в политике редко бывает отплачена. Но Петр, в свою очередь, проявил милосердие. Он мог бы казнить Софью. Ее брат Иван не сделал ничего, чтобы защитить ее. И она следовала по дороге в монастырь, испытывая чувства горечи и облегчения одновременно. Ее имя отныне было исключено из всех официальных документов. Келья стала ее царством.

6 октября 1689 года Петр победоносно отправился в Москву, за ним следовали его двор, бояре, потешные и стрельцы. У въезда в город собрались жители, чтобы приветствовать его. Колокола звонили в честь его возвращения. Когда кортеж проезжал мимо, к нему со всех сторон склонялись головы. Петр, который трепетал, как осенний листок, в ночь с 6 на 7 августа, был опьянен реваншем. Брат Иван ждал его на ступенях Успенского собора, он сделал шаг навстречу, поддерживаемый двумя боярами, и упал в объятия Петра.