Но Петра не очень-то заботила его «женушка». Вернувшись к ней, он больше думал не о чувствах, а о политике. Слухи, которые доходили до него из Москвы, доказывали, что недоброжелательство Софьи по отношению к нему с годами только росло. Однако если он соглашался в детстве на опекунство своей сводной сестры, то теперь это его больше не устраивало. Один из советчиков царя, Борис Голицын, кузен Василия Голицына, убеждал Петра в том, что регентша решила его уничтожить.

8 июля 1689 Петр должен был присутствовать вместе с царем Иваном и всей своей семьей на торжественной службе в Успенском соборе, в Кремле. После богослужения Софья захотела принять участие в традиционном крестном ходе, в котором участвовали обычно только мужчины. Возмущенный Петр этому воспротивился. Она же, не считаясь с его мнением, вышла к толпе, неся икону как настоящий самодержец. В ярости Петр покинул процессию и возвратился в Преображенское. Несколько дней спустя, узнав, что, несмотря на позорное поражение во второй Крымской кампании, Софья встречала Василия Голицына и его «славных генералов» с восторгом и щедро их наградила, он категорически отказался принять «триумфаторов».

Любовь и достоинство Софьи были уязвлены. Она поняла, что Петр вступил в открытую борьбу с ней. Донесения ее агентов гласили, что популярность молодого царя у москвичей возрастала. Это не радовало некоторых бояр. Регентшу начало волновать – хотя уже было поздно! – усиление «потешных» батальонов в Преображенском. Добровольные информаторы колесили между Москвой и селом, где Петр в тревоге ждал продолжения событий. Подстрекаемая своим новым любовником Шакловитым, Софья собрала предводителей стрельцов и раскрыла им свой план: они должны будут в ночь с 7 на 8 августа 1689 года взять в кольцо Преображенское и уничтожить солдат «потешной» армии Петра, его офицеров и советников, слуг, друзей из числа иностранцев, его мать и всю семью. Царя Петра следовало тоже убить или, по крайней мере, обезопасить, чтобы он не был в состоянии помешать этим планам. Ценой за преданность Софье для каждого стрельца будет награда в двадцать пять рублей. Предводители стрельцов пообещали регентше, что эта кровавая операция будет произведена точно и быстро.

Но в ночь с 7 на 8 августа двое из заговорщиков, охваченные сомнениями, понеслись галопом в Преображенское. Они прибыли туда около полуночи, разбудили Петра и предупредили его о замысле Софьи. С самых первых слов царя охватил страх. Воспоминания о резне мая 1682 года, совершенной теми же стрельцами, так глубоко врезались ему в память, что от одной мысли о том, чтобы смело выступить против этой банды мясников в красных рубахах, у него начался тик и от ярости он потерял рассудок. Вскочив с кровати, он даже не удосужился предупредить мать и жену о грозящей опасности и побежал босой, в одной рубашке, на конюшню. Там Петр оседлал лошадь и крикнул слугам, чтобы ему принесли одежду в ближайший лес, где он собирался спрятаться. Там, в убежище из листьев, они и нашли царя, одели его и все вместе понеслись во весь опор в укрепленную Троице-Сергиеву лавру.