На суде было оглашено немало сведений, подтверждающих факты вредительства и контрреволюционной деятельности, и в особенности подробно рассматривались отношения осужденных с бывшими владельцами шахт, в особенности с Дворжанчиком, который после революции жил в Польше и был главой Польского объединения бывших директоров и владельцев горнопромышленных предприятий в Варшаве. Сама по себе связь с Польшей была в то время очень серьезным компрометирующим обстоятельством, поскольку в ходе Гражданской войны Польша оккупировала часть Украины и Белоруссии. Более того, в Польше велась активная антисоветская политика, и между Францией и Польшей был договор о развертывании армии против СССР. Польша вплоть до начала Второй мировой войны рассматривалась в качестве наиболее вероятного противника. Между тем осужденные инженеры получали от Дворжанчика деньги, инструкции и пересылали ему разнообразную информацию о состоянии добычи угля в Донбассе. С 1925 года сведения о работе шахт пересылались также во Францию для официальных органов, то есть для разведки. Все это послужило основанием для выдвижения обвинения в шпионаже.

Даже в итогах Шахтинского процесса в поздней литературе пытались представить дело так, что будто бы процесс провалился: «Во всяком случае, ни один из последовавших шести политических процессов не сопровождался многочисленными отказами обвиняемых от своих показаний, от признания своей вины. Из 53 подсудимых 23 заявило о своей невиновности».

Во-первых, С. А. Кислицын прибег к приему, хорошо иллюстрированному известным примером: стакан, наполовину наполненный водой, можно описать как полупустой или как наполовину полный.

Во-вторых, для усиления впечатления он ничего не сказал о других подсудимых. Между тем 20 человек полностью признали свою вину и 10 человек признали свою вину частично. Таким образом, признавших вину полностью или частично оказывается больше, чем непризнавших: 30 человек против 23.

В-третьих, признание или непризнание вины подсудимым имеет меньшее значение, чем наличие доказательств его виновности. По результату процесса отсутствие доказательств, выразившееся в оправдательном приговоре, было только для четырех подсудимых. Очень слабые доказательства были для четырех подсудимых, приговоренных к условным срокам наказания. Остальные получили либо сроки лишения свободы с поражением в правах, либо расстрел. Считать дело развалившимся в суде нет никаких оснований.

Вопрос о виновности и невиновности подсудимых по Шахтинскому делу будоражит исследователей уже более 80 лет и даже неоднократно становился предметом прокурорской проверки. Как уже говорилось, постановлением Генеральной прокуратуры РФ, вынесенным в декабре 2000 года, все подсудимые были реабилитированы за отсутствием состава преступления. Старший прокурор отдела Генпрокуратуры РФ по реабилитации жертв политических репрессий Юрий Седов сообщил, что по результатам пересмотра дела был сделан вывод, что, несмотря на сомнения в эффективности советского хозяйства, говорить об устойчивых группах нельзя.

В общем и целом Генеральная прокуратура РФ при пересмотре дела, очевидно, полностью приняла сторону защиты, которая строила свою линию на анализе противоречий и несовпадений в показаниях, а также на утверждении, что с 1926 года организация фактически перестала существовать. Видимо, это и дало основание сделать вывод, что устойчивых группировок не было и состава преступления тоже не было.

Однако с этой точкой зрения нельзя согласиться полностью.