В ноябре 1771 года Александр Радищев вернулся в Петербург. Первая его чиновничья должность — протоколист первого департамента Правительствующего сената), а чин — титулярный советник. Этот департамент, которым руководил непосредственно генерал-прокурор князь А. А. Вяземский, ведал вопросами административного управления, руководил торговыми и таможенными конторами, заслушивал отчеты Иностранной коллегии. На него был возложен также контроль за исполнением законов местными властями. Чиновники департамента занимались самыми разнообразными вопросами: правовыми, экономическими, торговыми, таможенными, рассматривали челобитные, поступающие от частных лиц. Этому департаменту была подчинена и Тайная экспедиция, в застенки которой впоследствии попадет и сам Радищев. В обязанности Радищева входила подготовка материалов к заседаниям Сената и составление так называемых экстрактов по делам, то есть краткого изложения существа дела.

Служба в Сенате оказалась непродолжительной. В 1773 году Радищев становится обер-аудитором (дивизионным прокурором) штаба Финляндской дивизии, командовал которой граф Я. А. Брюс. Главная обязанность обер-аудитора заключалась в наблюдении за грамотным отправлением правосудия кригерехтами, то есть полковыми судьями, среди которых знающих юристов практически не было. Известно, что Радищев очень внимательно относился к приговорам полковых судов, а когда надо было — даже поправлял их. Например, он добился смягчения смертного приговора трем солдатам, вынесенного за убийство, совершенное в пьяной драке.

Военная служба дала ему возможность познакомиться со многими неприглядными сторонами действительности: с делами о беглых рекрутах и злоупотреблениях помещиков, с приказами Военной коллегии, с некоторыми материалами о Пугачевском восстании, которое было в самом разгаре. Тем не менее военная служба не пришлась по душе Радищеву, и в марте 1775 года он пишет рапорт об отставке.

В том же году Александр Николаевич женился на дочери члена придворной конторы Анне Васильевне Рубановской. Средств на содержание семьи не хватало, и в 1776 году Радищев вынужден был снова поступить на службу, на этот раз в Коммерц-коллегию. Президентом ее был граф А. Р. Воронцов, который искренне полюбил умного, дисциплинированного чиновника и с тех пор навсегда остался его надежным другом и покровителем. На новом месте Радищеву пришлось не только в полной мере использовать свои юридические познания, но и глубже изучить торговое законодательство. По словам сына писателя, Николая Александровича, Радищев «показывал непреклонную твердость характера в защите правовых дел».

В 1780 году Радищев становится помощником управляющего Петербургской таможней, которым был тогда Даль. Постоянные деловые отношения с иностранцами, прежде всего с англичанами заставили Александра Николаевича основательно изучить теперь еще и английский язык. Добросовестный Радищев, по существу, тянул все дела, так как управляющий оставил за собой лишь ежемесячные доклады императрице. Радищев был одним из самых честных и неподкупных сотрудников таможни — решительно избавлялся от нечистых на руку казнокрадов и взяточников, активно боролся с контрабандой. За грамотную разработку таможенного тарифа удостоился награды — бриллиантового перстня.

В 1783 году умерла жена Радищева, Анна Васильевна, оставив неутешному супругу троих сыновей и дочь. Воспитанием детей и ведением домашнего хозяйства пришлось заняться ее сестре, Елизавете Васильевне Рубановской. На службе все складывалось удачно — в сентябре 1785 года Александр Николаевич получает орден Святого Владимира IV степени и чин надворного советника, в 1790 году его производят в коллежские советники и назначают управляющим Петербургской таможней.