Хотя Трощинский и был опытным сановником, но, «воспитанный в старых идеях», не смог поддержать реформы молодого императора и был ярым противником преобразований. Поэтому Александр I довольно скоро охладел к нему. После образования министерств Д. П. Трощинский занимал довольно скромный пост министра уделов и продолжал руководить почтовым ведомством, а 9 июня 1806 года вообще оставил службу и поселился в полтавском имении Кибинцы.

В 1812 году дворяне избрали его своим предводителем, и по их поручению он в 1814 году встречал возвращающегося из-за границы императора. Александр I вновь «заметил» старого вельможу и 30 августа 1814 года назначил его министром юстиции и генерал-прокурором. На этом посту Дмитрий Прокофьевич пробыл три года, с присущей ему энергией занимаясь многочисленными делами судебного ведомства, прокуратуры и Правительствующего сената. В одном из своих писем он сообщал: «Без отдыха сижу за делами по своему департаменту, о коем можно сказать с Давидом: сие море великое и пространное, в нем же гадов несть числа».

Один из первых биографов генерал-прокурора П. И. Иванов писал о нем: «Трощинский хотя и не получил классического образования, но, имея светлый ум, наблюдательность, сам себя образовал в школе практических деловых упражнений, так что его проекты, мнения, министерские бумаги носят на себе отпечаток ясного понимания предмета, строгой отчетливости в изложении и, наконец, в них всегда преобладает практическая сторона относительно приведения в исполнение предполагаемого, которая приобретается только долговременным упражнением в делах. Он, как известно, много писал проектов по разным предметам, подавая замечательные мнения».

Трощинский умел безукоризненно докладывать дела. Он любил повторять одну фразу: «Дело не в докладе, а в докладчике», подчеркивая тем самым, что умный и ловкий чиновник всегда сумеет доложить любое дело в нужном ему ракурсе и провести выгодное решение. И он действительно умел убеждать императора. От своих подчиненных он требовал простоты и ясности при изложении обстоятельств дела, без каких-либо собственных заумных рассуждений. Когда же обер-прокуроры, особенно из молодых, по свойственной их возрасту запальчивости, позволяли себе неуместные замечания, Дмитрий Прокофьевич неизменно останавливал их словами: «Да уж, пожалуйста, не забегайте вперед воображением вашим».

Однако и на посту министра юстиции и генерал-прокурора он продолжал оставаться таким же непримиримым противником реформ, считая, что устоявшееся годами гораздо лучше нового и неизвестного. Особенно наглядно это проявилось при обсуждении в Государственном совете проекта Гражданского уложения, представленного комиссией составления законов. Трощинский считал его лишь «испорченным переводом кодекса Наполеона».

Со временем ему становилось все труднее и труднее исполнять текущие дела по Министерству юстиции и Правительствующему сенату. К тому же император почти перестал принимать министров с личными докладами. Все их представления направлялись к государю только через графа Аракчеева. Поэтому министры вынуждены были с четырех часов утра топтаться в приемной этого всесильного временщика, ожидая, когда он удостоит их своим вниманием. В таких условиях провести какое-либо решение было крайне сложно.

К служебным затруднениям прибавились и личные. Дмитрии Прокофьевич все чаще и чаще прихварывал. В апреле 1816 года он занемог так сильно, что вынужден был уйти в продолжительный отпуск.

К концу лета Трощинский несколько оправился от болезни. 5 августа 1816 года император Александр I направил ему следующий рескрипт: «Дмитрий Прокофьевич! По настоящем выздоровлении вашем от болезни Я желаю, чтобы вы скорее заняли прежнее свое место и продолжали с прежнею деятельностью отправлять должность вашу.